没有合适的资源?快使用搜索试试~ 我知道了~
bviRNASeq:孕妇BVI项目的RNA-seq分析流程
共24个文件
py:4个
gz:4个
pdf:2个
需积分: 10 0 下载量 32 浏览量
2021-04-16
10:28:30
上传
评论
收藏 1.07MB ZIP 举报
温馨提示
BVI RNA-seq管线 以下说明概述了为母体BVI (细菌,病毒和免疫应答)项目运行RNA-seq分析管道的过程。 说明是针对参与华盛顿大学医学院项目的人员的。 因此,说明将在假设处理将于WashU RIS compute1使用计算服务器storage1和scratch1卷。 先决条件 要运行RNA-seq管道,需要以下先决条件组件。 FASTQ(成对读取的文件) Docker镜像 人类转录组参考 样本键 配置文件 Snakefile(Snakemake) 1. FASTQ(成对读取的文件) 流水线需要成对的FASTQ文件作为输入。 您将为管道提供列出FASTQ文件的文件名(fofn),每行一个文件名。 每个FASTQ应该具有列出磁盘上文件的标准路径。 在reads.fofn文件中列出要分析的所有样本,最小为一个FASTQ文件。 reads.fofn的路径将包含在reads fo
资源详情
资源评论
资源推荐
收起资源包目录
bviRNASeq-main.zip (24个子文件)
bviRNASeq-main
bin
copy_multiqc_stats.py 3KB
merge_fastqc_adapter.py 4KB
merge_kallisto_abundance.py 2KB
link_fastq_files.py 3KB
example
rulegraph.pdf 9KB
HWFCGDSXX_GAATTCGT-GGCTCTGA_S25_L001_R2_001.fastq.gz 177KB
config.yaml 261B
AGCGATAG-AGGCGAAG_S1_R1_001.fastq.gz 161KB
AGCGATAG-AGGCGAAG_S1_R2_001.fastq.gz 177KB
transcripts.fa.ndx 79KB
HWFCGDSXX_GAATTCGT-GGCTCTGA_S25_L001_R1_001.fastq.gz 161KB
dag.pdf 13KB
reads.fofn 216B
transcripts.fa 4KB
sample_key.tsv 31KB
images
rulegraph.png 197KB
dag.png 163KB
AUTHOR 36B
Dockerfile 2KB
CONTACT 208B
LICENSE 1KB
bvi_rnaseq.smk 6KB
.gitignore 66B
README.md 8KB
共 24 条
- 1
哥本哈根学派
- 粉丝: 22
- 资源: 4508
上传资源 快速赚钱
- 我的内容管理 展开
- 我的资源 快来上传第一个资源
- 我的收益 登录查看自己的收益
- 我的积分 登录查看自己的积分
- 我的C币 登录后查看C币余额
- 我的收藏
- 我的下载
- 下载帮助
安全验证
文档复制为VIP权益,开通VIP直接复制
信息提交成功
评论0