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蒸馏器 模块化的Hi-C映射管道,用于可重现的数据分析。 distiller管道旨在提供以下功能: 将Hi-C分子的序列与参考基因组比对 解析.sam对齐并使用Hi-C对形成表单文件 过滤PCR重复项 将成对的成对矩阵进行Hi-C交互 安装 要求: Java 8的 奇异或docker(后者应能够不带root特权运行, ) 要设置新项目,请在项目文件夹中执行以下行: $ nextflow clone open2c/distiller-nf ./ 这将下载蒸馏器管道和配置文件。 然后: 在project.yml配置输入文件的位置和其他项目详细信息 在nextflow.config配置其他参数 使用local和cluster配置文件使用提供的硬件配置,或使用custom配置文件提供您自己的硬件配置 根据您的使用情况启动蒸馏器: 默认的硬件设置./configs/local.co
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distiller-nf-master.zip (29个子文件)
distiller-nf-master
.gitignore 261B
nextflow.config 1KB
bin
geo2yaml.py 7KB
pyfilesplit 1KB
.travis.yml 1KB
LICENSE 1KB
sorted_chromsizes
hg38.reduced.chrom.sizes 376B
sacCer3.reduced.chrom.sizes 229B
mm9.reduced.chrom.sizes 331B
dm6.reduced.chrom.sizes 111B
hg19.reduced.chrom.sizes 376B
mm10.reduced.chrom.sizes 331B
README.md 2KB
configs
cluster.config 2KB
local.config 1KB
VERSION 16B
distiller.nf 24KB
environment.yml 462B
CHANGES.md 1KB
.gitattributes 31B
project.yml 9KB
test
setup_test.sh 1KB
test_project.yml 8KB
docker
conda.list 8KB
Dockerfile 1KB
tag.sh 189B
build.sh 393B
apt.list 2.64MB
deploy.sh 261B
共 29 条
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