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systemsbiology:一种引入细胞群体中基因表达建模的工具
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2021-04-05
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系统生物学模拟器(SysBioSim) 开发该项目是为了帮助有兴趣的人了解细胞群体中基因表达的建模。 SysBioSim是一种信息工具(桌面应用程序),旨在学习或教授有关系统生物学(基因表达)的一些主题。 介绍 基因表达是一个动态过程,通过该过程可以将以基因编码的信息用于合成基因组产物。 该产物通常显示为蛋白质,是特定生物系统中随机发生的一系列生化React的产物。 基因表达的随机性主要影响转录和翻译过程,这是导致基因相同细胞群体中蛋白质表达水平差异的原因。 该项目的重点是对影响细胞过程对刺激的React方式的一些可变性来源进行建模。 这里考虑的可变性源来自外部,固有和测量噪声。 外在变异性是由细胞群的表型差异引起的。 例如,细胞大小或细胞周期阶段的变化。 影响这种类型变异性的另一个因素是细胞微环境条件被改变为细胞生长,这会在细胞中产生明显的适应性变化。 由于与mRNA和蛋白质的转录,翻
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systemsbiology-master.zip (32个子文件)
systemsbiology-master
LICENSE 1KB
GUI
C_Gill.c 387KB
genexpsim.py 57KB
mplwidget.py 749B
README.md 1B
genexpsim.ui 46KB
inputWindow.ui 5KB
C_Gill.cp37-win_amd64.pyd 80KB
simsysbio.py 31KB
icon.png 37KB
Single_Units
solveODE.ipynb 52KB
simbODE.ipynb 6KB
simbMoments.ipynb 9KB
gillAl.ipynb 53KB
README.md 1KB
HOGexpr.ipynb 65KB
README.md 5KB
Variability_Simulations
IntrinsicStochasticitySimulation.ipynb 167KB
MeasurementNoiseSimulation.ipynb 193KB
ExtrinsicSimulation.ipynb 167KB
README.md 934B
simsysbio.py 31KB
Inference_Models
tog.npy 936B
CMEmean.npy 936B
MCobs.npy 789KB
MeanCellModel.ipynb 165KB
hog.npy 936B
README.md 610B
MeanCurveFit.ipynb 157KB
MomentBasedModel.ipynb 108KB
simsysbio.py 36KB
CMEsd.npy 936B
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