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基因组汇编:Zizania palustris基因组的注释
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2021-02-17
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全基因组装配和北美洲野生稻( Zizania palustris L.)的注释,一种北美谷物,支持物种内的全基因组复制事件。 该库支持表征北方野生稻( Zizania palustris L.)基因组的工作。 将稿件发布到bioRxiv后,即可在此处找到该链接。 发布后,该链接也将被共享。 基因组组装本身没有脚本,因为这项工作是由。 基因组已工程号PRJNA600525保藏在美国 。 请使用目录浏览此自述文件,以轻松查找用于特定分析或图形的脚本。 此自述文件最好在灯光模式下查看。 目录 图1 该脚本生成了图1所示的图。该图显示了基因组和重复元素在全基因组中的分布。 在联想中添加了图例。 该Shell脚本与Circos配置文件结合使用,您可以在找到它们。 图2 图2A 此图显示了最初的OrthoFinder分析中使用的20种物种之间的系统发育关系。 生成树的数据来自OrthoFi
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基因组汇编:Zizania palustris基因组的注释 (168个子文件)
repeat_specific_circos.conf 10KB
downsampled_circos.conf 10KB
ObSH3.fa 10KB
OsQSH1_b.fa 5KB
OrQSH1.fa 4KB
OsSH5.fa 3KB
OsSH4.fa 3KB
OnSH4.fa 3KB
OrSH4.fa 3KB
OsQSH1.fa 2KB
OgGL4.fa 2KB
OsLG1.fa 1KB
OsSHA1.fa 1KB
OsSH8.fa 1KB
OsSH1.fa 1KB
OgSH3.fa 895B
OsWRKY.fa 641B
add_scalebar_to_annotation_photo.ipynb 314KB
blocks.layout 194B
busco_3779550536.log 3KB
README.md 17KB
README.md 2KB
README.md 816B
Figure_2D.png 2.92MB
Figure_2E.png 1.95MB
Figure_2B_venn_diagram.png 611KB
venn_diagram_with_rice_relatives.png 605KB
Figure_2F.png 547KB
Supporting_Figure_S1_RNAseq_tissues_with_scalebar_and_letters.png 512KB
Figure_2C.png 406KB
karyoplotR_WR_LTRs.png 366KB
karyoplotR_WR_LINEs.png 347KB
karyoplotR_WR_DNA.png 340KB
cumulative_plot.png 163KB
Figure_1_circos_plot.png 162KB
Supporting_Figure_S6_gene_ontology_plots.png 153KB
Nx_plot.png 139KB
Figure_4_circos_snp_downsampling.png 119KB
karyoplotR_WR_genes_only.png 93KB
Supporting_Figure_S5_repetitive_element_barplots.png 71KB
copy_of_tau_density_plot.png 60KB
copy_of_tissue_specificity_heatmap.png 53KB
reduced_size_copy_of_gene_specificity_barplot.png 52KB
Supporting_Figure_S7_gene_specificity_plots.png 49KB
Figure_2A_with_divergence_times.png 43KB
NWR_vs_Zlatifolia_genes_per_block.png 24KB
NWR_vs_Osativa_genes_per_block.png 24KB
pacbio_length_distr.png 21KB
pacbio_length_distr.png 21KB
synonymous_substitution_value_distribution.png 19KB
synteny.py 17KB
dotplot.py 14KB
karyotype.py 12KB
Backtranslate_Orthogroup_TK.py 6KB
Backtranslate_Orthogroup_TK.py 6KB
merge_duplications_with_bed_file.py 4KB
find_blocks.py 2KB
make_duplication_bed_files.py 2KB
filter_phylip_seqfiles.py 1KB
find_block_lengths.py 1KB
find_blocks_for_KaKs.py 933B
create_yn00_control_files.py 898B
filter_anchor_file.py 886B
find_zizania_specific_duplications.py 871B
change_scaffold_names.py 785B
plot_synonymous_substitution_values.py 763B
filter_bed.py 705B
test_gap_counter.py 700B
filter_fasta_zizania_duplicates.py 678B
parse_paml_output.py 635B
get_unique_NWR_genes.py 556B
filter_fasta.py 539B
edit_names_in_phylip_file.py 529B
filter_fasta_zizania_duplications.py 457B
find_num_of_syntenic_blocks.py 437B
filter_fasta_by_ID.py 432B
get_pacbio_read_lengths.py 432B
find_mean_block_length.py 389B
convert_fasta_to_phylip.py 288B
convert_fasta_to_phylip.py 277B
modified_venn_diagram.R 13KB
WR_repeats_karyoplot.R 12KB
Tissue_Specificity.R 7KB
rna_coverage_for_circos.R 3KB
venn_diagram_orthogroups.R 2KB
venn_diagram_orthogroups_with_rice_relatives.R 2KB
modified_pie_function.R 2KB
plot_go_terms_bar_plot.R 2KB
plot_go_terms_cellular_component_pie_chart.R 1KB
plot_go_terms_molecular_function_pie_chart.R 1KB
plot_go_terms_biological_process_pie_chart.R 1KB
WR_repeats_barplots.R 1KB
run_jcvi.sh 3KB
run_R_gene_analog_analysis.sh 2KB
replace_scaffold_names_for_circos.sh 2KB
run_jcvi_with_latifolia.sh 2KB
get_pacbio_seqids.sh 1KB
scythe_mpileup_downsampled_4fold.sh 1KB
scythe_mpileup_downsampled_8fold.sh 1KB
run_jcvi_get_orthologs.sh 1KB
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