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bb_gecco:为 gecco 和 isacc 论文提案收集数据的功能集合
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2021-06-03
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GECCO -- 安装 R 包 GECCO 工作组的一套 R 代码。 ##安装包 GECCO 是一个私有存储库,因此您需要授权您的计算机才能使用它(甚至查看它)。 在下载之前,您需要 Keith 将您添加为用户,然后转到以生成个人访问令牌 (=PAT)。 按照生成新令牌的说明保留默认复选框。 然后在生成令牌后复制令牌,这是您新的计算机生成的秘密密码。 您现在需要在安装中将此作为变量传递,或者您可以将其设置为永久使用的环境变量。 例如, Sys.setenv( GITHUB_PAT = " yoursecretcode " ) 当您退出 R 时,此变量不会保存(除非您加载以前的工作区),因此您需要在 github 上访问它或将其存储在某处。 或者,您可以通过创建系统首选项文件(请参阅 System())将其设置为永久密钥。 然后您可以安装 devtools(如果您还没有)和任何软件
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bb_gecco-master.zip (49个子文件)
bb_gecco-master
man
print.snp_location_info.Rd 710B
Use_snp_finder.py.Rd 2KB
ConvertTrueFalse.Rd 803B
MergeEpiAndSurvivalData.Rd 1KB
Find_position_gigs_single_chromo.Rd 1KB
CreateSurvivalDataset.Rd 1KB
GetCountAndBaselineAlleles.Rd 718B
deFactorize.Rd 366B
MakeDataAvailabilityTable.Rd 921B
WhichEpiFilesToInclude.Rd 911B
print.snp_names.Rd 680B
bb_gecco.Rd 459B
ChangeStudyNames.Rd 535B
DataLocation.Rd 699B
FindSNPposition_hapmap.Rd 1KB
GetStudy.Rd 517B
GiveStudiesNumbers.Rd 634B
print.snps_in_gene_regions.Rd 679B
find_rs_to_gigs.Rd 711B
CreateDosageDataFromGigs.Rd 1KB
Yi_GetEpiDataFromGigs.Rd 779B
GrepForEpiVars.Rd 661B
GetLastFileNameInPath.Rd 652B
MakeSplitPos.Rd 520B
Read_PriorityPruner_Results.Rd 679B
MakePriorityPrunerInputFile.Rd 2KB
ToKeepOrNot.Rd 735B
CreateDosageDataPerStudy.Rd 1KB
CreateEpiDataset.Rd 979B
CreateSNPDetailsTable.Rd 1KB
MakeSNPDetailsTable_GIGS.Rd 833B
FindSNPpositions_gigs.Rd 1KB
MakePathtoNewcomb_P.Rd 699B
GetChromo.Rd 514B
CreateEpiDatasetPerStudy.Rd 944B
find_rs_hapmap.Rd 770B
ChangeAlleles.Rd 475B
MakeEpiDetailsTable.Rd 595B
CreateDosageDataAcrossStudies.Rd 1KB
MakePathtoPeters_U.Rd 684B
GetMarginal.Rd 656B
MergeEpiAndGIGSdata.Rd 1KB
Run_PriorityPruner.Rd 1006B
GetBatch.Rd 502B
NAMESPACE 1KB
R
Rgecco.R 373B
SearchFunctions.R 71KB
DESCRIPTION 521B
README.md 2KB
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