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protein-sequence-embedding-iclr2019:“使用来自结构的信息学习蛋白质序列嵌入”的源代码-ICL...
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2021-03-25
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使用来自结构的信息学习蛋白质序列嵌入 该存储库包含源代码以及指向ICLR 2019论文随附的数据和预训练嵌入模型的链接: @inproceedings{ bepler2018learning, title={Learning protein sequence embeddings using information from structure}, author={Tristan Bepler and Bonnie Berger}, booktitle={International Conference on Learning Representations}, year={2019}, } 设置和依赖项 依存关系: Python3 火炬> = 0.4 麻木 科学的 大熊猫 斯克莱恩 赛顿 h5py(用于嵌入脚本) 运行setup.py来编译cython文件: python se
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protein-sequence-embedding-iclr2019-master.zip (29个子文件)
protein-sequence-embedding-iclr2019-master
eval_secstr.py 12KB
train_similarity.py 15KB
eval_similarity.py 8KB
eval_transmembrane.py 10KB
eval_contact_casp12.py 15KB
embed_sequences.py 6KB
LICENSE 19KB
src
models
multitask.py 4KB
comparison.py 3KB
__init__.py 0B
sequence.py 6KB
embedding.py 4KB
transmembrane.py 5KB
utils.py 4KB
parse_utils.py 450B
alignment.pyx 17KB
metrics.pyx 1KB
__init__.py 0B
pfam.py 427B
fasta.py 2KB
alphabets.py 2KB
scop.py 1KB
pdb.py 2KB
train_lm_pfam.py 9KB
eval_contact_scop.py 7KB
setup.py 204B
.gitignore 1KB
train_similarity_and_contact.py 21KB
README.md 2KB
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胡轶强
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