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hiddenDomains:hiddenDomains:识别 ChIP-seq 富集的现代 HMM-开源
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2021-06-01
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hiddenDomains 使用隐马尔可夫模型来识别 ChIP-seq 数据中的丰富域。 它接受 BAM 文件作为输入,并且可以在有或没有控制数据的情况下执行分析。 输出是一个 BED 文件,可用于 UCSC 基因组浏览器,其中包含域并根据其后验概率进行颜色编码。
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hiddenDomains.3.1.tar.gz (38个子文件)
hiddenDomains
hiddenDomains 9KB
ChromInfo_hg18.txt 376B
ChromInfo_mm10.txt 331B
ChromInfo_hg19.txt 376B
hiddenDomains.R 18KB
run_hiddenDomains.R 485B
centersToGEM.pl 227B
results_analysis.bed 52KB
._.DS_Store 120B
peakCenters 4KB
domainsMergeToBed.pl 6KB
index.html 23KB
LICENSE 15KB
results_domains.txt 347KB
.DS_Store 6KB
run_hiddenDomains_no_control.R 426B
k27me3_chr6.bam 73.19MB
ChromInfo_mm9.txt 331B
results_control_bins.txt 12.24MB
binReads.pl 5KB
k27me3_chr6.bedgraph.gz 11.74MB
results_vis.bed 665KB
preComputedFiles
k27_hiddenDomains.bed 665KB
k27_hiddenDomains.txt 347KB
chr6_false_positive_without_control.png 36KB
chr6_hox_cluster.png 62KB
k27me3_chr6_bins.txt 12.24MB
k27_hiddenDomains_no_control.bed 1.84MB
input_chr6_bins.txt 12.24MB
chr6_hox_cluster.pdf 24KB
k27_hiddenDomains_no_control.txt 852KB
chr6_false_positive_without_control.pdf 14KB
._DOCUMENTATION.html 171B
domainsToBed.pl 4KB
input_chr6.bedgraph.gz 9.74MB
DOCUMENTATION.html 25KB
results_treatment_bins.txt 12.24MB
input_chr6.bam 63.21MB
共 38 条
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