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pan-meyers-et-al:复制Pan,Meyers等人的分析和数据的代码
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2021-05-18
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使用基因组规模的健身筛查哺乳动物蛋白复合物的结构,功能和成员 Pan,Meyers等。 单元系统。 2018。 用于在此报告中复制分析和图形的代码存储库。 设置 克隆此存储库 在命令行中: $ git clone https://github.com/robinmeyers/pan-meyers-et-al 从该目录打开R会话 这可以通过多种方式完成。 $ cd pan-meyers-et-al $ R 或者如果您使用RStudio $ cd pan-meyers-et-al $ open Pan_Meyers_et_al.Rproj 配置CPU内核 该项目中的许多脚本都使用R包doMC进行了并行doMC 。 可以在lib/globals.R文件中自定义使用的线程数。 编辑此文件并设置为适当的数字。 我们建议每个内核允许4GB RAM(例如,在具有16GB RAM的计算机上设
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pan-meyers-et-al-master.zip (42个子文件)
pan-meyers-et-al-master
output
.gitignore 14B
munge
04-Interaction_Data.R 2KB
05-Coexpression.R 774B
00-Misc.R 530B
01-Dependency.R 3KB
02-Correlations.R 2KB
03-Genesets.R 1KB
src
04-Interaction_Enrichment.R 6KB
05-CORUM_Shuffle.R 2KB
01-Fitness_Landscapes.R 3KB
11-Assign_Complexes_RNAi_CRISPR.R 4KB
09-SetNetworkThresholds.R 3KB
08-huMAP_Shuffle_Results.R 6KB
07-huMAP_Shuffle.R 2KB
02-Correlation_Heatmaps.R 2KB
03-Correlation_Distributions_CORUM.R 2KB
00-Tissue_Representation.R 931B
10-Complex_Compare_RNAi_CRISPR.R 3KB
12-Heterodimers.R 2KB
huMAP_to_Cytoscape.R 1KB
06-CORUM_Shuffle_Results.R 7KB
lib
interaction_enrichment.R 2KB
globals.R 80B
draw_depnet.R 11KB
helpers.R 1KB
dataset_utils.R 8KB
graph_thresholds.R 2KB
edgeweight_calculations.R 1KB
fileIO.R 2KB
graph_shuffle.R 7KB
R
SetupProject.R 1KB
Pan_Meyers_et_al.Rproj 258B
config
global.dcf 438B
README.md 3KB
cache
.gitignore 14B
data
raw
.gitignore 14B
manual
mito_respiratory_chain.txt 4MB
staga_atac.txt 599B
interim
.gitignore 14B
README.md 2KB
.gitignore 52B
codep_net_app.R 7KB
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阿礅
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