get_BLAT_reads:脚本用于清理NGS读取，BLAT用于引用并提取匹配的读取

get_BLAT_reads 脚本用于清理NGS读取，BLAT用于引用并提取匹配的读取 由Matt Gitzendanner撰写 佛罗里达大学 get_reads_w_blat_hit_pe.py 该脚本遍历BLAT psl文件（不包含标题，但是如果它们也存在的话，可能会起作用）。 它采用具有热门匹配的查询名称，并将其放入列表中。 然后，它转到原始读取的文件，并使用这些名称提取读取。 就像现在写的一样，它假定有用于向前和向后读取的R1和R2文件，以及用于不成对读取的单例文件。 run_cut_trim_blat.qsub 该脚本执行从原始读取到与引用匹配的读取的一系列步骤。 这些步骤是： 使用cutadapt删除适配器 使用镰刀过滤读取 使用blat识别带有参考文献的读物 使用脚本将带有匹配项的阅读信息提取到新文件中。