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cfDNA:cfDNA分析工作流程
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2021-04-19
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Snakemake工作流程:通过无细胞DNA片段化模式捕获的表观遗传信号分析 该存储库包含snakemake工作流程,用于分析无细胞DNA片段化模式捕获的表观遗传信号。 以下分析基于以下出版物: Snyder MW,Kircher M,Hill AJ,Daza RM,ShendureJ。无细胞DNA包含体内核小体足迹,该信息通知了其来源组织。 细胞。 2016年1月14日; 164(1-2):57-68。 doi:10.1016 / j.cell.2015.11.050。 考研PMID: 有关此分析的更多详细。 所有脚本和二进制文件均按原样提供,没有任何担保,使用后果自负。 这不是发行的软件包。 我们仅提供此信息和代码,并仅提供使方法易于重现分析的方法的描述。 我们不为这些脚本提供任何支持。 目录 工作流程 窗口保护得分叠加 描述 输入 输出 基因表达分析 描述 输入 输出
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cfDNA-master.zip (53个子文件)
cfDNA-master
.gitattributes 66B
workflow
envs
cfDNA.yml 230B
background.yml 137B
overlays.yml 157B
scripts
WPS
extractFromBAM_RegionBed_WPS_Cov.py 9KB
overlays.py 3KB
samtools 1.32MB
expression_analysis
snakemake_correlation_table.R 1KB
fft_path.R 9KB
extractReadStartsFromBAM_Region_WPS.py 7KB
snakemake_correlation_plots.R 2KB
convert_files.py 3KB
snakemake_correlation_rank_table.R 2KB
schemas
samples.schema.yaml 734B
config.schema.yaml 664B
regions.schema.yaml 474B
snakefile_WPS.smk 8KB
config
README.md 3KB
regions.tsv 58B
example.config.yml 1KB
samples.tsv 288B
LICENSE 1KB
README.md 10KB
resources
blacklists
UCSC
UCSC_gap.hg19.bed 12KB
UCSC_gap.hg38.bed 21KB
download.md 227B
metadata
UCSC_gap.gh38.txt.gz 12KB
UCSC_gap.hg19.txt.gz 7KB
universal_blacklist.hg19.bed 27KB
ENCODE
hg19-blacklist.v2.bed 34KB
hg38-blacklist.v2.bed 26KB
download.md 265B
metadata
GRCh38.metadata.controls.txt.gz 41KB
hg19.metadata.controls.txt.gz 39KB
hg19-blacklist-README.pdf 1.38MB
universal_blacklist.hg38.bed 25KB
protein_atlas
labels_Extended.tsv 10KB
labels_Blood.tsv 912B
labels_Tissue.tsv 1KB
RNAtableBlood.tsv.gz 447KB
RNAtableTissue.tsv.gz 1.52MB
RNAtableExtended.tsv.gz 2.95MB
genome
hg19.fa.genome 2KB
hg38.fa.genome 4KB
hg19.fa.genome.regular_autosomes 335B
hg38.fa.genome.regular_autosomes 335B
README.md 1KB
annotations
transcriptAnno-GRCh37.103.tsv.gz 640KB
transcriptAnno-GRCh38.103.tsv.gz 677KB
.editorconfig 249B
.gitignore 511B
CHANGELOG.md 1KB
snakefile_GE_analysis.smk 7KB
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阿礅
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