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lsh_scripts
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2021-03-10
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访问用于CONSULT基准测试的数据 该存储库包含摘要数据表和我们用来处理它们的脚本。 受控距离 包含针对每个CONSULT,Kraken-II,CLARK,CLARK-S和Bowtie的每个bin计算的召回和误报信息。 它是的输入,以生成图2a中所示的曲线。 包含用于工具性能比较的CONSULT,Kraken-II,CLARK,CLARK-S和Bowtie的运行时间和内存数据。 该表用作的输入,以生成图2b中所示的条形图。 新型基因组 包含针对默认数据库(针对GTken,TOL和Kraken和CONSULT工具的Bac / Arch Kraken数据库)使用默认参数搜索的每个GORG样本的匹配读取百分比。 它是在图3a上生成ECDF曲线的输入。 , 和保持在变量设置下针对GTDB,TOL,Bac / Arch Kraken数据库查询的GORG数据集的平均召回率和假阳性值。 这些
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lsh_scripts-main.zip (62个子文件)
lsh_scripts-main
gorg.R 5KB
new_t1_sparse_vals.txt 3.48MB
roc_p4c0_stdTax.csv 387B
old
t2_nodups_imbalance.txt 5KB
tools_runtime_1030_in_paper.xlsx 10KB
combined_horizontal_mitoZ_filt_unfilt_full.csv 11KB
kmer_cnt_cmp_var_tag.R 3KB
roc_p4c1.csv 386B
combined_mitoZ_filt_unfilt_originalDanish_full.csv 244KB
combo_t_vertical.csv 16.4MB
roc_p3c0.csv 387B
ROC_combo_3.pdf 6KB
combined_gorg_v1_results_var_p.csv 8.5MB
roc_p3c1.csv 389B
ROC_combo_2.pdf 6KB
lsh_gtdb_results_dros_queries.csv 1KB
Tol_all_kmers_bin_comp_lsh_kraken_clark_clarkS_0914.xlsx 12KB
combined_10M_FP_plants_results_var_p_var_c.csv 6KB
ROC_combo.pdf 6KB
roc_p4c0.csv 387B
script_mito_heatmap_v1.R 11KB
t2_imbalance.txt 5KB
dros_distances.csv 56KB
t0_nodups_imbalance.txt 1KB
combined_10M_FP_plants_results.csv 5KB
gorgQ_GTDB_var_p_var_c.R 4KB
Tol_allkmers_bin_cmp_082620.R 8KB
script_dros_heatmap_v1.R 9KB
t2_nodups_imbalance.txt 5KB
tools_runtime_1030_in_paper.xlsx 10KB
Consult_v3.pptx 95KB
roc_p4c1.csv 385B
lsh_gtdb_p4c2_results_dros_queries.csv 1KB
roc_p3c0.csv 387B
combined_horizontal_mitoS_filt_unfilt_full.csv 10KB
new_t2_sparse_vals.txt 3.47MB
combined_gorg_v1_results_var_p_extended.csv 17.13MB
LICENSE 11KB
combined_mitoS_filt_unfilt_originalDanish_full.csv 221KB
table.R 418B
roc_p4c1_stdTax.csv 386B
consult_vs_kraken_matched_dif_hist.R 1000B
Tol_allkmers_bin_cmp_030721.R 5KB
combo_ROC.R 10KB
total_var_parameter_setting_1026.csv 2KB
tools_runtime_1014.R 4KB
kmer_cnt_cmp_var_tag_v2.R 6KB
dros_distances_updatedGTDB4.csv 93KB
ROC_kraken_std_vs_cust_tax.R 5KB
gorgQ_GTDB_var_p_var_c_v2.R 5KB
combined_10M_FP_plants_results_var_p_var_c_extended.csv 11KB
roc_p4c0.csv 387B
Consult_v3.pdf 37KB
compare_gorg_kraken_vs_lsh_matched.csv 1.57MB
script_mito_heatmap_v1.R 15KB
Tol_all_kmers_bin_comp_lsh_kraken_clark_clarkS_0914_customTax.xlsx 12KB
README.md 7KB
t0_nodups_imbalance.txt 1KB
roc_p3c0_stdTax.csv 387B
combined_gorg_v1_results.csv 8.24MB
new_t0_sparse_vals.txt 3.48MB
new_t3_sparse_vals.txt 3.47MB
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张岱珅
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