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fastqcs3:CHEM E 545546最终项目的主要回购
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2021-03-10
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FastQCS3:16S基因测序的快速定量检查 CHEM E 545/546最终项目的主要回购 概述/目的 该软件的目的是为用户提供一种工具,可在测序结果可用后立即快速运行质量检查。 该软件将设计为可从命令行运行的python可安装软件包。 通过模块化设计,用户将有机会指定他们要执行哪种FastQCS3。 安装依赖项 该软件包依赖于先前发布的微生物组分析软件包来预处理输入数据并提供测序质量指标。 FastQCS3寻求利用QIIME2数据处理功能,同时着重于构建一个交互式仪表板,该仪表板具有比QIIME2的.qza格式更有用的可视化工具。 为了能够使用FastQCS3,必须首先安装QIIME2。 安装Miniconda 您可以按照的说明安装Miniconda。 更新迷你conda conda update conda 安装wget conda install wget 如果conda
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fastqcs3-main
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family.csv 18KB
auto_qiime_wrap.py 263B
table.qza 53KB
unifrac-distance-matrix.tsv 18KB
alpha_diversity_plots.ipynb 4KB
data_prep_stack_barplots.py 4KB
bray-distance-matrix.tsv 17KB
LICENSE 1KB
taxonomy.tsv 114KB
dashboard_draft.py 2KB
Plotly Stacked Barplot.ipynb 15KB
test_make_plots.py 1KB
test_make_plots.ipynb 3KB
doc
usecase.md 920B
component_doc.pptx 524KB
BN_Generate_CSV.ipynb 3KB
metadata.tsv 2KB
.gitignore 33B
automating_qiime2_workflow.ipynb 6KB
README.md 3KB
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clustering_maybe.ipynb 30KB
main_wrap_function.py 263B
beta_diversity_plots.ipynb 43KB
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