pokay:报告针对一组病原体分离基因组的显着qPCR引物探针或免疫表位错配信息

Pokay 报告针对一组病原体分离基因组的显着DNA（qPCR引物/探针）或氨基酸（表位）不匹配信息。 发音 / poʊˈkeɪ /（如 ，或Pokay（如“我的PCR设计还可以”或“我的表位还可以”）。 动机 我的PCR分析设计是否可以检测到所有已知的病原体测序实例？ 还是病原体发生了突变以逃避表位错配的免疫检测？ 开发此轻量级工具是为了简化检查和报告已发布的SARS-CoV-2基因组的过程，以查看您希望稳定但实际上已经进化的亚序列的子序列。 在处理基因组中许多模棱两可的碱基和无覆盖（N）区域方面。 用例1：根据可用的病原体基因组数据，继续进行PCR检测的灵敏度。 截至撰写本文由于进行了全球测序，在GISAID和中可获得超过115,000个SARS-CoV-2样品的基因组，实验室可能想检查其PCR测定的引物/探针是否继续与所有样本尽管有不可避免的病毒进化。 Pokay大约需要3分钟