DIAMOND:16S扩增子和shot弹枪宏基因组分析
使用R(版本3.5.0和3.6.1)进行统计分析
PERMANOVA(纯素中的adonis函数,版本2.5.6,10,000个排列)用于量化协变量对观察到的微生物β多样性方差的贡献
MaAsLin2用于确定单个微生物分类之间的关联,这些分类存在于≥10%的样本中
未配对的Wilcoxon(rstatix,版本0.3.0)和Kruskal-Wallis检验分别用于比较两个独立小组和> 2个独立小组。
卡方独立性检验和Fisher精确检验用于确定两个类别变量之间的关联
使用Benjamini-Hochberg程序对所有q值(经FDR校正的p值)进行了多次测试的校正