dogs:用于“狗和人类炎症性肠病的重叠笔记本依赖重叠但明显的营养不良网络”的同伴笔记本

分析笔记本 该存储库包含用于创建分析的笔记本 。 每个笔记本都尝试总结一个特定的步骤，并使其尽可能独立。 在本文档中，我们简要介绍了本文所需的每种分析，并在可能的情况下将它们分组在一起，以提供更大的内聚性。 给读者的重要注意事项 该存储库未提供所有使用的数据文件，因为其大小将超过GitHub允许的限制。 但是，我们提供了主数据文件（元数据和OTU表），可以使用这些命令从中生成其余数据。 序列数据的其余部分可以通过Qiita（请记住登录）自由访问。 在笔记本电脑的多个位置，有一些引用远程地址的单元（例如，在ssh或scp命令中），您无需执行这些命令，要获取的文件应已在此存储库中提供。 元数据 元数据处理需要两个步骤，一个用于清理数据，另一个用于为准备数据。 ：清除并过滤元数据，以删除在其余分析中未使用的样本。 我们还计算了定义的营养不良指数 。 ：将所需的字段和列添加到映射文件