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MQmetrics:LC-MSMS蛋白质组学MaxQuant输出分析
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2021-04-19
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MQmetrics MQmetrics的目标是分析来自LC-MS / MS的蛋白质组学数据。 它从MaxQuant提取输出表并绘制多个参数。 安装 您可以使用以下命令从安装开发版本: # install.packages("devtools") devtools :: install_github( " BioAlvaro/MQmetrics " ) 例子 MQmetrics易于使用,并将为您提供有关蛋白质组学MaxQuant分析的信息。 首先加载库。 默认情况下,MaxQuant结果将存储在名为Combined的文件夹中。 该文件夹的目录就是使用MQmetrics所需的全部。 library( MQmetrics ) MQPathCombined <- ' /home/alvaro/Documents/MaxQuant/example5/combined/ ' 包的主要功能是g
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MQmetrics:LC-MSMS蛋白质组学MaxQuant输出分析 (104个子文件)
DESCRIPTION 759B
.gitignore 61B
.gitignore 11B
README.md 2KB
NAMESPACE 2KB
README-PlotAcquisition-1.png 151KB
README-irt_peps2-1.png 86KB
README-PTM-1.png 81KB
README-irt_peps1-1.png 80KB
README-TotalIonCurrent-1.png 77KB
README-missed_cleavages-1.png 68KB
README-example_long_names-1.png 56KB
README-DynamicRangeAll-1.png 56KB
README-AndromedaScore-1.png 56KB
README-PlotIntensity-1.png 54KB
README-PlotHydrophobicity-1.png 50KB
README-PlotAcquisition-2.png 48KB
README-PTM-2.png 43KB
README-Charg-1.png 38KB
README-PLotGRAVY-1.png 38KB
README-missed_cleavages-2.png 38KB
README-protein_degradation-1.png 36KB
README-unnamed-chunk-3-1.png 35KB
README-TotalIonCurrent-2.png 33KB
README-IdentificationType-1.png 28KB
README-AndromedaScore-2.png 26KB
README-PlotHydrophobicity-2.png 26KB
README-PlotPCA-1.png 25KB
README-DynamicRangeAll-2.png 25KB
README-Charg-2.png 20KB
README-Charge-1.png 20KB
README-PlotMSMS-1.png 20KB
README-PeptidesIdentified-1.png 20KB
README-PlotPeaks-1.png 20KB
README-isotope-1.png 19KB
README-PlotProteins-1.png 19KB
README-MissedCleavages-1.png 17KB
README-DynamicRange-1.png 15KB
README-pressure-1.png 7KB
README-protein_coverage_all-1.png 7KB
PlotIntensity.R 11KB
ReportTables.R 8KB
PlotPTM.R 7KB
generateReport.R 6KB
PlotProteinCoverage.R 5KB
ReadDataFromDir.R 4KB
PlotiRTScore.R 4KB
PlotiRT.R 4KB
PlotIdentificationType.R 3KB
PlotProteinsIdentified.R 3KB
PlotAllDynamicRange.R 3KB
PlotHydrophobicity.R 3KB
PlotTotalIonCurrent.R 3KB
PlotProteaseSpecificity.R 3KB
PlotPCA.R 3KB
ExperimentInformation.R 2KB
PlotCombinedDynamicRange.R 2KB
PlotAcquisitionCycle.R 2KB
PlotPeaks.R 2KB
PlotAndromedaScore.R 2KB
PlotIsotopePattern.R 2KB
PlotMsMs.R 2KB
PlotPeptidesIdentified.R 2KB
PlotCharge.R 2KB
PlotProteinCoverageAll.R 1KB
MQmetrics_import_functions.r 861B
.Rbuildignore 42B
generateReport.Rd 3KB
PlotIntensity.Rd 1KB
PlotIdentificationType.Rd 1KB
PlotProteinsIdentified.Rd 1KB
PlotProteinCoverage.Rd 1KB
PlotIsotopePattern.Rd 1KB
PlotPeaks.Rd 1KB
PlotMsMs.Rd 1KB
PlotPeptidesIdentified.Rd 1KB
PlotHydrophobicity.Rd 1KB
PlotPTM.Rd 1KB
PlotCombinedDynamicRange.Rd 964B
PlotAllDynamicRange.Rd 935B
ExperimentInformation.Rd 917B
PlotiRT.Rd 879B
PlotPCA.Rd 857B
PlotProteaseSpecificity.Rd 854B
ReportTables.Rd 851B
PlotTotalIonCurrent.Rd 835B
PlotiRTScore.Rd 761B
PlotAcquisitionCycle.Rd 759B
ReadDataFromDir.Rd 749B
PlotAndromedaScore.Rd 737B
PlotCharge.Rd 680B
PlotProteinCoverageAll.Rd 659B
MQmetrics.Rmd 7KB
template_report.Rmd 6KB
README.Rmd 2KB
proteinGroups.txt 991KB
msScans.txt 975KB
peptides.txt 965KB
evidence.txt 931KB
msmsScans.txt 917KB
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