ParDRe:平行工具可去除重复的DNA读数-开源

ParDRe是用于删除重复读取的并行工具。 重复读段可以看作是相同或几乎相同的序列，但有一些错配。 该工具将使用户避免不必要的读物分析，从而减少使用数据集的后续过程（例如，程序集，映射等）的时间。 该工具使用MPI实施，以利用多核群集的并行功能。 对于相同数量的内核，它比多线程同类产品快（2015年底），而且由于采用了消息传递技术，因此可以在集群上执行。 还有ParDRe的MapReduce对应对象，称为MarDRe（请参见上面的链接）。 更新：从2.0.5版开始，ParDRe还提供了仅删除光学重复项（并保留生物学上有趣的重复项）以及使用.gz格式的压缩输入/输出的支持。