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single-cell-curation:策动cellxgene数据集的代码和文档
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2021-03-20
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cellxgene策划工具 该存储库包含cellxgene的策展团队使用的文档和代码。与数据集有关的问题/建议以及它们与cellxgene的相互作用方式应在此处创建。 有关cellxgene及其门户网站的信息/问题,请参阅: 安装 此处提供的中央工具是一个CLI,用于使用数据集,以便可以将它们托管在。 它可以通过pip获得: pip install cellxgene-schema 也可以通过克隆此存储库并运行从源代码进行安装: make install 您可以使用以下命令运行测试: make unit-test 快速开始 CLI使用yaml配置文件中定义的逻辑,使用cellxgene模式所需的本体术语来扩充(* .h5ad)。该yaml文件应指示架构插槽的值或原始值与相应架构插槽之间的映射。 yaml配置文件的示例如下所示: obs: assay_ontology_term
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single-cell-curation:策动cellxgene数据集的代码和文档 (219个子文件)
all_ontology.bash 2KB
setup.cfg 31B
create_yaml 0B
create_yaml,R 3KB
sample_metadata.csv 59.04MB
sample_metadata.csv 49.11MB
umap.2d.all2.csv 43MB
sample_metadata.csv 29.87MB
sample_metadata.csv 29.19MB
sample_metadata.csv 28.84MB
barcodes.csv 9.26MB
tsne_tassic_2018_no_NA.csv 1.47MB
features.csv 228KB
cell_metadata.csv 182KB
.gitignore 1KB
exon.counts.csv.gz 87.15MB
exon.counts.csv.gz 52.08MB
exon.counts_small.csv.gz 32.65MB
Table_S4g_open_chromatin_metadata.tsv.gz 4.61MB
hgnc_complete_set.txt.gz 3.4MB
Table_S4e_snRNA_10X_v3_B_metadata.tsv.gz 2.69MB
Table_S4d_snRNA_SMART_metadata.tsv.gz 1.98MB
sample_metadata.csv.gz 1.92MB
Table_S4a_scRNA_SMART_metadata.tsv.gz 1.88MB
sample_metadata.csv.gz 1.69MB
Table_S4c_scRNA_10X_v2_A_metadata.tsv.gz 1.13MB
Table_S4h_DNA_methylation_metadata.tsv.gz 695KB
Table_S4b_scRNA_10X_v3_A_metadata.tsv.gz 690KB
GSE115746_complete_metadata_28706-cells.csv.gz 490KB
Table_S4f_snRNA_10X_v3_A_metadata.tsv.gz 400KB
features.tsv.gz 273KB
features.tsv.gz 273KB
features.tsv.gz 273KB
features.tsv.gz 273KB
GSE115746_accession_table.csv.gz 174KB
features.tsv.gz 140KB
hgnc_example.txt.gz 1KB
pbmc3k-CSC-gz.h5ad 25.13MB
Makefile 676B
corpora_schema.md 13KB
readme.md 12KB
schema_guide.md 7KB
README.md 4KB
readme.md 3KB
readme.md 3KB
readme.md 2KB
readme.md 2KB
README.md 2KB
readme.md 2KB
readme.md 2KB
readme.md 2KB
readme.md 2KB
email_draft_data_contributors.md 2KB
readme.md 2KB
CONTRIBUTING.md 811B
SECURITY.md 358B
CHANGELOG.md 117B
test_validate.py 18KB
test_remix.py 12KB
remix.py 10KB
validate.py 9KB
gene_symbol.py 8KB
LiCuration.py 6KB
test_ontology.py 6KB
create_biccn_ontology_table.py 5KB
yaoCuration.py 4KB
create_biccn_ontology_table.py 4KB
create_biccn_ontology_table.py 3KB
test_gene_symbol.py 3KB
create_ontology_lookup_cell_type.py 3KB
create_biccn_ontology_table.py 3KB
reformat_add_metadata_10X_broad.py 3KB
reformat_add_metadata_10X.py 3KB
ontology.py 3KB
ontology.py 3KB
ontology.py 3KB
add_labels.py 3KB
create_ontology_lookup.py 3KB
add_labels_general.py 2KB
create_ontology_lookup_cell_type.py 2KB
reformat_add_metadata_smart.py 2KB
create_ontology_lookup_cell_type.py 2KB
reformat_add_metadata.py 2KB
cli.py 2KB
reformat_add_metadata.py 2KB
reformat_add_metadata.py 1KB
reformat_add_metadata.py 1KB
explore_all.py 1KB
create_ontology_lookup_cell_type.py 1KB
setup.py 934B
create_ontology_lookup_dev_stage.py 858B
create_ontology_lookup_tissue.py 854B
filter_nan.py 845B
all_concatenate.py 631B
create_ontology_lookup_tissue.py 592B
append_biccn_ontology.py 578B
append_biccn_ontology.py 578B
append_biccn_ontology.py 578B
append_biccn_ontology.py 578B
append_sex.py 552B
共 219 条
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