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sars_cov2_environmental_seq
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2021-02-25
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从加利福尼亚大学戴维斯分校医学中心收集的环境样品中分析MinION SARS-CoV-2序列数据 该github存储库包含来自以下手稿的代码(和数据链接):“从UC Davis收集的医院表面样本进行的SARS-CoV-2检测和基因组测序” 戴维·A·线圈| 蒂莫西·艾伯森| Shefali Banerjee | 格雷格·布伦南| AJ坎贝尔| Stuart H. Cohen | 萨蒂亚·丹德卡(Satya Dandekar)| Samuel LDíaz-Muñoz| 乔纳森·艾森| 特蕾西·戈德斯坦| Ivy R. Jose | 玛雅·华雷斯| 布randint·鲁滨逊| Stefan Rothenburg | 克里斯蒂安·桑德罗克| Ana MM Stoian | 丹尼尔·汤普金斯| Alexandre Tremeau-布拉瓦德| 安吉拉·哈兹库(Angela Haczku) 如果您
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sars_cov2_environmental_seq-main
filter_pipeline_run4.sh 1KB
nextstrain_ucdmc_job.sh 2KB
filter_pipeline_run3.sh 1KB
README.md 6KB
demultiplexing_script.sh 2KB
filter_pipeline.sh 1KB
filter_pipeline_run5.sh 1KB
filter_pipeline_run2.sh 1KB
analysis_figures.R 27KB
ncov_ucdh_env.Rmd 59KB
filter_pipeline_run1.sh 1KB
low_coverage_consensus.sh 5KB
sra_download.sh 1KB
.gitattributes 32B
basecall_guppy_hac.sh 4KB
ncov_ucdh_env.nb.html 870KB
notebook_ncov_ucdh_env.Rmd 2KB
protocols
nCoV_environmental_sequencing_protocol.docx 221KB
RNA_environmental_samples_sequencing.md 146B
nCoV sequencing protocol-aj_sldm_sldm2.docx 275KB
nCoV sequencing protocol-aj.docx 283KB
nCoV sequencing protocol_v1.docx 270KB
nCoV sequencing protocol-aj_sldm.docx 275KB
flow-cell-wash-kit-protocol-WFC_9088_v1_revF_18Sep2019-any(1).pdf 4.33MB
phylogenetics.md 4KB
notebook_ncov_ucdh_env.nb.html 659KB
low_coverage_read_information.sh 2KB
data
unprocessed
UCDMC Swab Data.xlsx 172KB
Ct_values-ucdmc_samples.xlsx 16KB
Plate map.xlsx 57KB
Pilot Goldsteinresults.csv 38KB
run5_barcodes.csv 181B
run3_barcodes.csv 307B
ncov_ucdh_env1_run4
3ac92cc2-2540-41d6-9128-09ba1ccd31c8--report.pdf 179KB
ncov_ucdh_env1_run2
rampart_report_run2.docx 21KB
nb18_all.png 295KB
nb05_all.png 308KB
a6c81382-576d-4b99-8867-56900d9afd94--report.pdf 204KB
ncov_ucdh_env1_run1
barcodes.csv 690B
rampart_report_run1.docx 21KB
25240491-27d6-4219-a825-722520587610--report.pdf 188KB
run_1_run2_barcodes.csv 241B
169 swabs.csv 46KB
ncov_ucdh_env1_run3
rampart_report_run3.docx 20KB
TEMP_5aa17f3a-ca27-42a9-989b-61e1db6f36d6--report.pdf 195KB
run4_barcodes.csv 698B
repository_metadata
SRA_metadata.xlsx 53KB
GSAID_information.md 1KB
Metagenome.environmental.1.0.xlsx 11KB
read_count_information.sh 2KB
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小子骚骚
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