bpnet:在功能基因组学数据上训练基本分辨率的深度神经网络并对其进行解释的工具包_bpnet资源-CSDN文库

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package

bpnet:在功能基因组学数据上训练基本分辨率的深度神经网络并对其进行解释的工具包（117个子文件）

deploy_docs.bash 3KB

render_ipynb.bash 2KB

peaks.bed 207B

peaks.bed6 335B

dummy.pos.bw 13KB

dummy.neg.bw 13KB

setup.cfg 286B

logging.conf 884B

extra.css 1KB

dummy.fa 2KB

dummy.genome 17B

bpnet9-chipseq.gin 4KB

bpnet9-ginspec.gin 4KB

bpnet9-pyspec.gin 3KB

modisco-50k.gin 2KB

config.gin 377B

config.gin 320B

modisco-config.gin 113B

bpnet9.gin 18B

.gitignore 1KB

img 16B

img 13B

img 6B

MANIFEST.in 271B

modisco.ipynb 2.26MB

modisco-chip.ipynb 1.43MB

evaluate.ipynb 88KB

LICENSE 1KB

LICENSE 1KB

Makefile 1KB

Makefile 458B

README.md 7KB

CONTRIBUTING.md 3KB

README.md 836B

README.md 120B

overview.png 675KB

bpnet-arch.png 165KB

problem.png 59KB

colab-header.png 32KB

dna-words.png 15KB

core.py 52KB

modisco.py 38KB

datasets.py 30KB

train.py 27KB

files.py 24KB

contrib.py 21KB

motif_clustering.py 20KB

metrics.py 19KB

pattern_instances.py 19KB

BPNet.py 18KB

vdom.py 18KB

table.py 16KB

profiles.py 14KB

seqmodel.py 13KB

utils.py 13KB

heads.py 12KB

simulate.py 12KB

tracks.py 10KB

data.py 9KB

models.py 9KB

sliding_similarities.py 9KB

layers.py 8KB

trainers.py 8KB

preproc.py 7KB

heatmaps.py 7KB

dataspecs.py 6KB

extractors.py 6KB

utils.py 6KB

export_bw.py 6KB

conftest.py 4KB

stats.py 4KB

periodicity.py 4KB

samplers.py 4KB

test_train.py 3KB

test_seqmodel.py 3KB

test_modisco.py 3KB

profile.py 3KB

test_contrib.py 3KB

losses.py 3KB

test_pattern_instances.py 2KB

evaluate.py 2KB

utils.py 2KB

setup.py 2KB

configurables.py 2KB

test_train.py 1KB

test_gin_parse.py 1KB

test_modisco_file.py 1KB

dinuc_shuffle.py 1KB

test_export_bw.py 1KB

__main__.py 1KB

configurables.py 868B

__init__.py 718B

activations.py 697B

test_core.py 531B

functions.py 276B

test_tracks.py 143B

__init__.py 105B

test_contrib.py 0B

__init__.py 0B

__init__.py 0B

共 117 条

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