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偏最小二乘法检验matlab代码-GeneExp_and_CNV_FCsignatures:GeneExp_and_CNV_FC...
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2021-06-08
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偏小二乘法检验matlab代码GeneExp_and_CNV_FCsignatures 用于再现 AHBA 基因表达空间模式与 16p11.2 缺失和 22q11.2 缺失的 FC 特征之间关联结果的脚本。 请引用:。 依赖关系 该代码是在 R2019b 中编写和测试的,还包括重现报告的分析和统计数据所需的数据。 脚本可以直接运行以重现偏最小二乘回归 (PLSR) 分析和每个基因分析的相关性。 此外,还包含一个 R 脚本以使用 和 制作直方图。 分析 调用偏最小二乘回归 (PLSR) 和每个基因相关性分析。 运行: script_call_PLSR_and_CorrPerGene.m 这将调用以下脚本: 1: code/script1_call_PLSR_nodal_and_regional.m 然后 2: code/script2_call_CorrPerGene.m PLSR 结果(解释的百分比方差 (PCTVAR) 和 p 值)以及 CorrPerGene 结果(Pearson r、p 值、FDR p 值)作为 .xlsx 文件保存在data文件夹中。 最后,可以使用 16p11
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GeneExp_and_CNV_FCsignatures-master.zip (39个子文件)
GeneExp_and_CNV_FCsignatures-master
data
cnv_genes_cnv16p112.csv 149B
cell_null_beta_maps_ROIxROI_22q11del.mat 53.1MB
tab_PLSR_Ncomp2_NodalFC_PctVar_Pval_MIST64.xlsx 3KB
tab_CorrPerGene_CNV_GeneSetsOnly_MIST64.xlsx 12KB
gene_set_all.csv 131KB
table_specificity_PLSR_nodal_profiles.csv 238B
cell_random_perm_indices_10k.mat 8.17MB
cell_null_beta_maps_ROIxROI_16p11del.mat 53.12MB
cell_null_nodal_profiles_22q11del.mat 2.87MB
table_regional_specificty_PvalRandGeneSet.csv 2KB
table_regional_specificty_PCTVAR.csv 5KB
tab_PLSR_Ncomp2_RegionalFC_PctVarPvalFDR_MIST64.xlsx 14KB
Supplementary_Table_S1.xlsx 458KB
cell_null_nodal_profiles_16p11del.mat 2.87MB
df_abagen_roi_x_genes_ROInames_MIST_64.csv 18.24MB
cnv_genes_cnv22q112.csv 248B
tab_CorrPerGene_All_Genes_MIST64.xlsx 1.82MB
code
scriptR_plot_HistogramCorrPerGene_16p22q.R 7KB
BasicFunc_compute_mean_stat_topk_and_pval.m 981B
script2_call_CorrPerGene.m 10KB
fdr_bh.m 9KB
script1_call_PLSR_nodal_and_regional.m 11KB
BasicFunc_load_cnv_gene_lists.m 1KB
fComputeCorr_inMRIprofile_v_GeneExp_perGene.m 4KB
BasicFunc_compute_median_stat_and_pval.m 898B
BasicFunc_compute_centile_per_array.m 554B
fComputePLSR_inMRIprofile_v_CNVgeneExp.m 4KB
BasicFunc_load_FC_maps.m 2KB
.Rhistory 25KB
fComputePLSR_regionalConnectivity_vs_CNVgeneExp.m 5KB
fComputePLSR_inMRIprofile_v_randCNVgeneSets.m 3KB
LICENSE 1KB
README.md 3KB
script_call_PLSR_and_CorrPerGene.m 738B
plots
hist_CorrPerGene_FC16pdel_v_Genes22q.png 431KB
hist_CorrPerGene_FC22qdel_v_Genes22q.png 500KB
hist_CorrPerGene_FC16pdel_v_Genes16p.png 260KB
hist_CorrPerGene_FC22qdel_v_Genes16p.png 336KB
.gitattributes 66B
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