基于非负矩阵分解算法的用于鉴定circRNA功能的乳腺癌相关环状RNA模块的系统鉴定。

环状RNA（circRNA）是一种特殊的内源RNA，已被证明与多种癌症的关键生物学过程有关，作为基因调节剂。 但是，circRNA在乳腺癌（BC）中的功能作用尚待探索，并且对circRNA的知识相对不完整会处理与BC相关的circRNA的鉴定和预测。 为此，我们开发了一种系统方法，通过基于非负矩阵分解（NMF）算法整合circRNA，mRNA，miRNA和途径数据，在BC环境中识别circRNA模块。 我们的方法发现了13个circRNA模块，总共包含4164个节点（80个circRNA，2703个基因，63个miRNA和1318个途径）和67,959条边。 GO（基因本体论）功能筛选确定了具有44个circRNA的9个circRNA功能模块。 在其中的八个模块中，与已知的BC相关基因，miRNA或疾病相关途径具有直接关系的31个circRNA被选作BC候选circRNA。 功能富集结果表明，它们与BC相关通路密切相关，例如“ KEGG（癌症基因和基因组京都百科全书）通路”，“React免疫系统”和“ KEGG MAPK信号通路”，“ KEGG P53信号通路” '或‘KEGG Wnt信号传导途径’，并可能切断在BC潜在circRNA生物标志物。 比较结果表明，我们的方法可以鉴定出更多与BC相关的功能circRNA模块。 总之，我们提出了一种新颖的系统方法，该方法基于已知的mRNA，miRNA疾病信息和途径来鉴定BC相关circRNA模块，这可以帮助鉴定BC相关circRNA，并有益于BC患者的治疗和预后。