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香农代码的matlab-cancer-risk-biomarkers:与手稿“用于推导生物标志物以预测恶性疾病中的癌症风险的计算...
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2021-05-26
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香农代码的matlab 癌症风险生物标志物 与手稿“用于推导生物标志物以预测恶性疾病中的癌症风险的计算建模方法”相关的代码 提供的代码在许多MATLAB .m文件中,这些文件都应存储在同一目录中。 下面提供了文件说明: Runner.m —最高级别的代码文件,可以从中运行具有不同参数的多个仿真。 对于每组参数,调用summary_stats函数以通过模型的N_runs个模拟汇总数据。 summary_stats.m —第二级代码文件,当给定一组参数时,该文件运行Moran模型N_runs次的Gillespie算法代码,并将每次运行的摘要统计量和端点数据汇总到单元格数组中。 在此代码中,完成了代码的并行化,因为模拟的N_runs次运行在可能的情况下并行运行。 要使用此代码,请运行以下命令: summary_stats(fName,s_pos,s_del,mu,N_muts_necessary,bx_size,weights_matrix,total_weight_sum,weights_matrix_bx,total_weight_sum_bx) 其中fName-所有保存数据的文件名,s
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cancer-risk-biomarkers-master.zip (21个子文件)
cancer-risk-biomarkers-master
extra_km_plotting.m 7KB
summary_stats_vary_probs.m 6KB
summary_stats_birth_death.m 6KB
logrank_r_script.txt 209B
fitness_prolif_index.m 938B
runner.m 2KB
new_model2d.m 29KB
new_model2d_birth_death.m 31KB
gearyC.m 521B
makeKMgraph.m 3KB
summary_stats_non_overlapping.m 6KB
new_model2d_vary_probs.m 30KB
makeROC_curve.m 2KB
calcMoranI.m 812B
make_weight_matrix_bx.m 866B
new_model2d_non_overlapping_bx.m 30KB
README.md 7KB
diversityMeasures.m 629B
summary_stats.m 6KB
km_plotting.m 23KB
make_weight_matrix.m 670B
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