底泥疏泣的效果至今仍存在很大争议,其中之一是疏泼后所产生的环境效果有可能偏离人们的期望,疏俊能够有效的削减沉积物中背养物、重金属和持久性有机物等污染物含几,但疏浚过程中会引起污染物向水体释放．疏浚后的界面过程有可能对疏浚效果产生较大影响,底泥疏浚对水体宫营养化的控制有成功的经验也有失败的教训,不同的湖泊疏浚后对营养盐释放的控制效果不同,底泥疏浚往往对底栖生物产生危害,具体表现为种类、丰富度与生物皿的减少,群落结构发生变化,多样性降低；疏浚后微生物胞外酶活性降低,底泥疏浚对沉积物代谢功能存在显著影响,底栖生
