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怎样记录matlab中的代码-neuroGLM:基于试验的神经尖峰响应与广义线性模型(GLM)的拟合和分析
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2021-05-24
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怎样记录matlab中的代码神经GLM 支持使用通用线性模型(GLM)对基于试验的穗状花序数据进行灵活的回归分析。 该建模框架旨在发现神经响应如何编码响应的外部(例如,感觉,运动,奖励变量)和内部(例如,尖峰历史,LFP信号)协变量。 该MATLAB代码是的分析的参考实现。 下载资料库 从命令行: git clone git@github.com:pillowlab/neuroGLM.git 在浏览器中:单击,然后解压缩存档 示例脚本 打开tutorial.m可以使用模拟数据集查看它的运行情况 简单概述 假设我们在复杂的行为实验中记录了单个神经元的尖峰响应,并且想知道在神经响应中编码了刺激或行为的哪些方面。 此代码包使我们可以使用Poisson GLM回归发现此类依赖项。 考虑一个简单的示例,其中神经元编码两个实验变量:出现视觉目标的时间以及运动点刺激的运动强度。 回归是目标出现的时间,以及每次试验中移动点的时间,持续时间和强度(“连贯性”)。 参考 IM Park,MLR Meister,AC Huk和JW Pillow(2014)。 自然神经科学17,1395-1403。
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neuroGLM-master.zip (78个子文件)
neuroGLM-master
loadHukExampleCell.m 4KB
+basisFactory
makeSmoothTemporalBasis.m 2KB
makeNonlinearRaisedCos.m 2KB
deltaStim.m 300B
rawStim.m 68B
temporalBases_sparse.m 2KB
boxcarStim.m 203B
temporalBases_dense.m 1KB
convBasis.m 722B
tutorial_GLM_history_only.m 2KB
matRegress
+tools
cvglm.m 3KB
count2inds.m 176B
logistic.m 230B
xvalidationStratified.m 2KB
xvalidationIdx.m 2KB
+gpriors
ridge.m 111B
gaussian_zero_mean_inv.m 664B
none.m 82B
blkdiagPrior.m 2KB
AR1_2D.m 1KB
pairwiseDiff.m 459B
getPriorStruct.m 2KB
pairwiseDiff2D.m 880B
AR1.m 900B
+glms
buildPriorCovariance.m 1KB
autoFitGLM.m 657B
makeHyperParameterGrid.m 883B
learnHyperParametersActiveLearning.m 2KB
+neglog
poisson.m 2KB
posterior.m 1KB
bernoulli.m 2KB
hyperparameterGridSearch.m 1KB
getPosteriorWeights.m 6KB
LICENSE 1KB
test_poisson_blkdiagonal.m 2KB
README.md 323B
+nlfuns
logexp2.m 430B
quadnl.m 205B
logexp_pow.m 508B
scaledNlfun.m 534B
logexp5.m 559B
logexp4.m 558B
logexp3.m 358B
threshLinear.m 492B
logexp1.m 579B
exp.m 166B
test_bernoulli_blkdiagonal.m 6KB
.gitignore 686B
+buildGLM
registerSpikeTrain.m 794B
addCovariateBoxcar.m 590B
addCovariateRaw.m 334B
addCovariateTiming.m 1KB
registerValue.m 1KB
zscoreDesignMatrix.m 1KB
newTrial.m 186B
addCovariate.m 3KB
getDesignMatrixColIndices.m 531B
getBinnedSpikeTrain.m 603B
addCovariateSpiketrain.m 860B
initDesignSpec.m 435B
registerContinuous.m 835B
initExperiment.m 1KB
getResponseVariable.m 667B
getGroupIndicesFromDesignSpec.m 332B
removeConstantCols.m 541B
registerTiming.m 775B
spec.txt 2KB
addTrial.m 1KB
combineWeights.m 2KB
addBiasColumn.m 642B
compileSparseDesignMatrix.m 1KB
LICENSE 1KB
test
testCompileSparse.m 1KB
README.md 2KB
docs
tutorial.md 11KB
tutorial_exampleData.m 1KB
.gitignore 14B
tutorial.m 5KB
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