对于不断增长的人口而言，健康，多产的土壤对于可持续交付农产品至关重要。 土壤微生物在土壤结构和功能中起着至关重要的作用。 他们负责土壤形成，生态系统生物地球化学，养分循环以及植物残留物和异种生物的降解。 某些农业处理方法，例如肥料和农药的施用，作物轮作或土壤改良剂的添加，会影响土壤生态系统中细菌和真菌的组成，丰度和功能。 其中一些做法产生了相当负面的影响。 其他人则可以通过创造更友好的栖息地或提供营养来帮助土壤微生物。 传统方法无法完全捕获微生物群落结构的变化，而传统方法仅限于可培养生物，而可培养生物只占总人口的不到1％。 宏基因组学等新分子技术的使用为更好地了解农业如何影响土壤微生物群提供了可能性。 因此，本综述的主要目的是讨论常见的耕作方式如何影响土壤中的微生物活性，并特别关注农药，化肥，重金属和作物轮作。 此外，提出了减轻某些处理方法负面影响的潜在做法，并指出了可以有益地影响土壤微生物的处理方法。 最后，强调了宏基因组学技术在农业中的应用以及开发有效的分子工具以评估微生物活动范围内土壤状况的观点。
