在探讨Windows服务器的目录安全设置时，重点是保护网站文件免遭未授权的访问和修改。从提供的文件内容中，我们可以提炼出关于IIS（Internet Information Services）和文件权限设置的具体知识点。
设置服务器目录安全性的第一步是创建一个独立的用户账户，这通常是为了限制访问权限而采用的一种安全措施。在Windows系统中，可以将新用户账户归入guest组，这样该账户就具备了基本的网络访问权限，但不会给予太多的安全风险。创建账户后，需要设置一个复杂的密码以增强账户的安全性。这一部分强调了账户管理在安全设置中的重要性。
对IIS的站点目录进行安全性配置时，需要选择站点目录，访问其属性，并在“目录安全性”标签页中找到“身份验证和访问控制”。在这里，可以启用匿名访问，并选择之前创建的用户作为匿名用户。在实施匿名访问时，务必保证选定的用户具备最低级别的权限，以防止潜在的安全威胁。
第三，对主目录权限的设置也是确保安全的关键环节。通常情况下，将本地目录权限设置为只读，而对于应用程序则赋予“纯脚本”权限，这样可以保证网站程序可以正常运行，同时避免了恶意脚本的执行。在取消某些目录（如article, attachments等）的脚本权限时，是为了防止攻击者通过上传恶意代码进行攻击。数据库文件夹应当取消所有读取和执行权限，这是出于保护数据库文件不被读取和执行的考虑。
四，对于存放网站文件的文件夹，同样需要设置合适的权限，以防止未授权的访问。在“属性”对话框的“安全”标签页中，通过添加之前创建的用户账户，并设置相应的读取权限，可以确保用户只能访问他们被授权的内容。但是，为了网站的正常运行，需要对那些需要写入数据的目录开放写入权限，例如，对于文章、附件、备份、缓存和帖子等目录需要允许写入，而如果网站还涉及编辑插件或皮肤，则需要对相应的目录或文件提供写入权限。
五，除了上述设置，还提到了一种更高级的安全措施——结合主动防御软件来监控文件的改动。这种方法可以确保任何未授权的文件修改或添加都会被检测到，并且可以阻止IIS对文件的非法操作，以此达到防御黑客入侵和挂马的目的。
Windows服务器的目录安全设置是一个涉及账户创建与管理、IIS配置以及文件权限分配的多步骤过程。这些步骤共同构成了一个多层次的安全体系，确保了服务器目录的访问控制和内容保护。在此过程中，网站管理员需要对不同的目录和文件施加不同的权限，以此来平衡网站的开放性与安全性。此外，采用主动防御策略可以在更深层次上抵御安全威胁，形成更为坚固的安全防线。
