matlab代码中nrc-RosR-Regulation:探索盐细菌的转录调控

matlab代码中nrc 生物学 311 最终项目：RosR 法规 贡献者：Yitaek Hwang、Tosin Omofoye、Steven Pierre、Zhihao Zhu 抽象的 Sharma 等人以前的工作。 和托纳等人。 已经表明 VNG0258H 或 RosR 是一种转录因子，可在极端氧化应激下调节盐分杆菌 NRC-1 中的基因表达。 该项目的目标是验证上述论文的结果，并深入研究确定 RosR 响应氧化应激而激活或抑制的特定基因。 这允许映射其表达直接受 RosR 影响的基因。 在比较 Δura3 亲本和 ΔVNG0258H 突变株在每个受试者暴露于 H2O2 之前和之后的基因表达比率时，我们验证了 Sharma 等人中记录的六种表达谱。 然后，我们使用 k-means 聚类来查找 RosR 使用相同基因表达谱调控的基因列表。 然而，这个列表与 Sharma 等人提供的列表有很大不同，导致我们质疑我们对 ChIP 芯片分析的严格标准。 接下来，我们创建了一个转录因子网络，以找出 H2O2 暴露于 RosR 调节基因的持续时间之间的关系。 然后使用arCOG基因本体分析来分