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熵值法matlab代码-cnm-code:论文“区域间连接组的约束和跨度”中的图采样算法
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2021-05-25
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保守值法matlab代码cnm代码 鲁宾诺夫(2016)的图采样算法Nature Communications 713812。有关详细帮助,请参阅matlab文件;有关其他问题或建议,请与Mika Rubinov(rubinovm在janelia.hhmi.org)联系。 simann_constraint_model.m:经验网络的约束随机化 mleme_constraint_model.m:最大熵/指数随机图模型的最大似然估计 抽样类型 具有严格约束条件的网络的均匀采样:对于每个单独的采样网络,都可以高精度满足约束条件。 具有软约束的网络的无偏采样:平均而言,对于网络集成,可以满足约束,但通常对于每个单独的网络而言,不满足。 抽样方法 指定约束误差函数,并通过此函数的数值最小化(带有模拟退火)对单个网络进行采样。 通过非线性方程组的数值解来最大程度地估计网络概率分布,并直接从该分布中采样单个网络。 约束类型 加权和二进制节点强度,模块权重和布线成本约束。 此外,所有经验连接权重都将自动保留。 加权节点强度和模块权重约束。 经验连接权重未保留。 准确性 较小的归一化约束误差。 约束错
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