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matlab+人口增长代码-Cross_Feeding_Model_PLoSComputBiol20_Scripts:Cross...
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matlab +人口增长代码微生物群落的粗粒生态模型 我们的论文已发表在《公共科学图书馆·计算生物学》上。 该项目旨在促进微生物群落的数学建模,以应用于实际数据。 现有的大多数模型要么缺少机械细节,要么太复杂以至于无法理解。 我们建议,中尺度模型可能是一个更好的解决方案,可以推断潜在的微生物过程,这些过程驱动微生物群落状态的时间变化(例如种群密度,养分浓度等)。 我们通过结合种群动力学模型和社区中每种细胞类型(或生态类型)的简化代谢物网络,开发了这种粗粒度的生态模型。 该存储库包含用于三个交叉馈送示例的MATLAB代码,这些示例演示了我们的新框架在填补微生物生态学方面的知识空白时的效用。 三个交叉喂养的生态系统包括 (1)葡萄糖专家和乙酸盐专家之间的单侧乙酸盐介导的交叉进料。 参考:Rosenzweig,R。Frank等。 “在简单的非结构化环境中的微生物进化:大肠杆菌的遗传分化。” 遗传学137.4(1994):903-917。 (2)赖氨酸营养缺陷型和亮氨酸营养缺陷型之间的双边氨基酸介导的交叉进料。 参考:张小林和詹妮弗·里德(Jennifer L. Reed)。 “合成合作社区的
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