宿主转录组学特征作为内脏利什曼病合并 HIV 患者的替代性治愈试验-研究论文
背景:HIV 患者的内脏利什曼病 (VL) 治疗经常失败,随后出现高复发率和病死率。 因此,治疗效果评估势在必行,但基于寄生虫检测的侵入性器官抽吸。 为了寻找侵入性较小的替代方案,并且由于宿主免疫React对于免疫功能低下的 VL 患者的治疗结果至关重要,我们研究了 VL-HIV 患者在治疗期间全血转录谱的变化。 方法:嵌入在埃塞俄比亚西北部的一项临床试验中,在完成 AmBisome 或 AmBisome/米替福新 29 天治疗方案之前和之后,对 28 名 VL-HIV 患者的全血样本进行了 RNA-Seq。 通路分析与机器学习方法相结合,以建立临床上有用的 4 基因集。 结果:对于治疗失败和成功治疗的患者,鉴定出差异表达基因的不同特征。 后者的通路分析强调了与宿主细胞活性和免疫相关的基因的下调,以及吞噬溶酶体中抗菌肽活性的上调。 在治疗失败的患者中未观察到疾病缓解或通路富集的迹象。 接下来,我们确定了一个 4 基因特征(HRH4、IL10、PRSS33、SLFN14),可以在治疗结束时准确区分治疗结果,显示 ROC 曲线下的平均面积为 0.97。 解释:一个简单的基于血液的签名因此具有促进治疗功效监测的重要希望,并提供替代的治愈测试来指导 VL-HIV 患者的患者管理。 资金说明:资金由研究和开发项目 AfricoLeish 提供,由欧盟第七框架计划 (EU FP7) 支持,根据赠款协议编号 305178。 WA 和 BC 得到研究基金会-佛兰德斯博士后奖学金的亲自支持。 PMK 由 Wellcome Trust 高级研究员奖 (WT104726) 资助。 利益声明:作者声明不存在相互竞争的利益。 伦理批准声明:研究方案得到了贡德尔大学机构审查委员会、埃塞俄比亚国家研究伦理审查委员会、无国界医生伦理审查委员会、伦敦的批准卫生与热带医学学院研究伦理委员会、安特卫普大学医院伦理委员会和利奥波德王子热带医学研究所机构审查委员会,并按照国际指南(赫尔辛基宣言、良好临床实践和当地法规)进行。
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