matlab代码注释标准-Mutation-Analysis:突变分析

matlab代码注释标准 Mutation-Analysis 说明 目前包括的模块 基础模块：样本路径查找、QC Calling：Mutect2、cnvkit 分析模块：Mutect2结果过滤、oncotator、MutSigCV、GISTIC、HotNet2 需要提供的列表在Summary文件夹中均有示例 可以在 /lustre/rdi/user/hantc/Pilot-Work/180116-Zhuang 路径下直接查看整个流程 1.1 checkPath.sh ../Summary/New.list ../Summary/samplepath.list 该步骤是在已知sample id的情况下，在新pipeline文件夹中找到样本的路径，基本使用新id命名规则（特别长）的样本都可以通过该方法找到 input: SAMPLE_ID output: SAMPLE_PATH run: bash checkPath.sh $input $output 1.2 Rscript QC_pipeline.R -f ../Summary/pipeline.list -o ../Summary 1