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matlab分时代码-LAceModule:花边模块
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2021-05-21
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matlab分时代码花边模块 介绍 竞争性内源RNA(ceRNA)通过竞争性结合它们共享的microRNA相互调节。 这是转录后的重要调节机制,在生理和病理过程中起着至关重要的作用。 当前用于鉴定ceRNA对的计算方法主要基于ceRNA候选表达与共享microRNA数量的相关性,而不考虑相关性对共享microRNA表达水平的敏感性。 为克服此限制,我们引入了液体关联(LA),这是一种动态关联度量,可以评估ceRNA与microRNA的关联的敏感性,作为检测ceRNA的其他因素。 在这里,我们提出了一个基于LA的框架,称为LAceModule,通过将常规Pearson相关系数和动态相关LA与多视图非负矩阵分解相结合来识别ceRNA模块。 平台 LAceModule用R语言开发。 但是多视图NMF是一个耗时的过程,特别是对于大型矩阵。 我们使用Liu等人提供的用于快速多视图NMF的matlab代码。 在他们的论文[1]中。 因此,请在运行代码之前安装matlab(R2016和更高版本)。 您还应该在R中安装R.matlab软件包,以将数据和命令从R转换为matlab。 资料准备 LAceM
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LAceModule-master.zip (26个子文件)
LAceModule-master
.gitattributes 66B
src
Rscript.R 2KB
mulNMF
repeatMultiNMF.m 1KB
neg.m 41B
merge.m 1KB
evaluate.m 2KB
runMultiNMF.m 975B
discretisation.m 1KB
CalcMetrics.m 217B
litekmeans.m 15KB
nmi.m 1KB
SpectralClustering.m 1KB
NMF.m 8KB
net_eva.m 919B
discretisationEigenVectorData.m 314B
PerViewNMF.m 7KB
modularity.m 306B
MultiNMF.m 2KB
printResult.m 325B
pos.m 39B
bestMap.m 1KB
hungarian.m 11KB
function.R 5KB
LICENSE 1KB
README.md 3KB
data
data.RData 1.56MB
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