共生矩阵的matlab代码-cooccurrence_clustering:cooccurrence_clustering

共生矩阵的matlab代码共现聚类算法 使单细胞RNA-seq数据分析具有挑战性的一个主要原因是数据丢失，其中数据仅捕获了每个细胞转录组的一小部分。 已经开发了许多计算算法来解决辍学问题。 在这里，探索了相反的观点。 我们没有将辍学视为要解决的问题，而是将其视为定义单元格类型的有用信号。 我们提出了一种迭代共现聚类算法，该算法与二值化的单细胞RNA-seq计数数据一起使用，并且能够有效地识别细胞群体以及细胞类型的特异性途径和特征。 纸 可以在以下位置找到描述算法的手稿： 用户须知 下载并解压缩cooccurence_clustering_repo.zip文件。 在这三个结果文件夹中，源代码位于“工具”文件夹下，而其他两个文件夹是两个示例数据集。 要在提供的示例上测试算法：打开Matlab，将工作目录更改为一个示例文件夹，依次运行step_01、02、03，...脚本。 示例中的原始数据采用通用格式（稀疏矩阵和GSE系列矩阵）。 要在新数据集上快速测试该算法，请按照与示例之一相同的方式格式化新数据。 运行代码的系统要求：Matlab 2017b，Windonws 10，> = 32GB的