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matlab代码影响-pyGLMHMM:GLM-HMM的Python实现
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2021-05-22
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matlab代码影响pyGLMHMM 它是什么? pyGLMHMM是在MATLAB中实现的GLM-HMM模型的纯Python实现。 它遵循忠实于原始实现的总体框架。 此GLM-HMM模型已在()中开发,作为一种基于感觉环境和所产生行为来推断动物内部状态的方法。 该技术利用了一种回归方法,即广义线性模型(Generalized Linear Models),该方法可以识别描述特定感官线索如何随着时间进行积分的“过滤器”。 然后,将其与隐藏状态模型Hidden Markov Models()结合起来,以识别动物的行为是否可以由某种潜在状态来解释。 该GLM-HMM模型的最终目标是最好地预测醋蝇D. melanogaster的声学行为。 GLM–HMM模型允许每个状态具有关联的多项式GLM,以描述从反馈提示到发出特定类型歌曲的概率的映射。 每个状态还具有多项式GLM,该GLM生成从反馈提示到从当前状态到下一个状态的转移概率的映射。 这允许概率以不时改变的方式,该方式取决于苍蝇接收到的感官反馈,并确定在每个时刻哪些反馈线索会影响概率。 该模型的灵感来自先前对神经活动建模的工作,但使用多项分类输
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pyGLMHMM-master.zip (28个子文件)
pyGLMHMM-master
src
pyGLMHMM
fitTransitionFilters.py 2KB
emitLikelihood.py 5KB
fitEmissionFilters.py 4KB
computeTrialExpectation.py 3KB
transLearningFun.py 6KB
GLMHMMSymbLik.py 1KB
fitAnalogFilters.py 5KB
collectWLSInfo.py 976B
emitMultistepLearningFun.py 5KB
emitLearningStats.py 4KB
minimizeLBFGS.py 4KB
regularizationSchedule.py 252B
__init__.py 19B
HMMGLMLikelihoods.py 3KB
LBFGS.py 51KB
GLMHMMTransLik.py 839B
GLMHMMAnalogLik.py 3KB
waveletTransform.py 318B
emitLearningFun.py 5KB
fastASD.py 33KB
transLearningStats.py 3KB
GLMHMM.py 59KB
emitGenerate.py 16KB
weightedLSByState.py 1KB
setup.py 1KB
demo
demo.ipynb 1.41MB
README.md 9KB
fig
GLM-HMM.jpg 102KB
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