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matlab集成c代码-Skyline-plots:使用贝叶斯合并天际线和出生死亡天际线图推断过去的人口动态
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Matlab集成的c代码 作者 等级 标题 字幕 野兽版 追踪版本 尼古拉·穆勒(NicolaF.Müller),路易斯·普莱西(Louis du Plessis) 初学者 天际线图 使用贝叶斯合并天际线和出生死亡天际线图推断过去的人口动态。 2.5.x 1.7.x 背景 种群动态影响树的形状,因此,树的形状包含有关过去种群动态的一些信息。 所谓的天际线方法允许以非参数方式从系统发育树中提取此信息。 它是非参数的,因为没有底层的微分方程组来控制这些动力学的推论。 在本教程中,我们将研究两种不同的方法来从序列数据推断这些动力学。 第一个是基于合并模型的合并贝叶斯天际线图{%cite Drummond2005 --file Skyline-plots / master-refs%},第二个是出生-死亡天际线图{%cite Stadler2013- -文件Skyline-plots / master-refs%}基于出生-死亡模型。 合并和出生死亡方法之间的概念差异在于时间流的方向。 在合并中,时间被建模为从现在到过去的倒退,而在出生死亡方法中,模型被建模为前进。 其他两个基本区别是推断的参
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Skyline-plots-master
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hcv_bdsky.xml 46KB
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ess_vs_dim_coal.png 99KB
set_dimension.png 165KB
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ccby.pdf 4KB
coalescent_intervals.pdf 6KB
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bdsky_model.png 17KB
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open_SkylineAnalysis.png 62KB
choose_gtr.png 169KB
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beast_input_run1.png 282KB
bdsky_smooth.png 31KB
bdsky_intervals5.png 15KB
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ess_vs_dim_coal.pdf 7KB
comparison_dimension.eps 27KB
Rosenberg2002.png 130KB
bdsky_tracer.png 189KB
ess_vs_dim_coal.eps 16KB
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README.mdown 180B
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bdsky_traces.png 199KB
comparison_dimension-eps-converted-to.pdf 10KB
save_data.png 61KB
bdsky_intervals.pdf 6KB
choose_dimension_bdsky.png 102KB
bd_model.png 24KB
scripts
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Skyline_Example.R 4KB
Figure_Utilities.R 2KB
README.mdown 227B
SkylinePlot.R 7KB
master-refs.bib 19KB
data
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README.mdown 149B
preamble.tex 6KB
precooked_runs
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hcv_coal_30M.log 400KB
hcv_coal.tsv 9KB
hcv_bdsky.hcv.trees 2.48MB
hcv_bdsky_30M.log 563KB
README.mdown 248B
hcv_bdsky.log 562KB
hcv_coal.log 398KB
hcv_bdsky_30M.hcv.trees 2.48MB
hcv_coal_30M.hcv.trees 2.48MB
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