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GM(1n)matlab代码-segmentator_processing_scripts:该存储库托管用于处理Segmenta...
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2021-06-01
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GM(1 n)matlab代码 segmentator_processing_scripts 该存储库托管用于分析以下论文的代码: 核心依赖 包裹 测试版 1.13.1 0.19.1 2.1.0 1.5.3 0.13.1 分析步骤 按照以下步骤进行分析 设置环境 注意1:如果是第一次进行分析,请先按照以下部分中的步骤创建虚拟环境,然后再激活它。 注2:为了重现SPM分割流水线,遗憾的是目前还需要安装MATLAB和SPM。 这可能会在未来被 docker 镜像所取代。 我们将 MATLAB R2015b 与 . 激活虚拟环境 source activate env_segm_paper 设置父路径和evalseg路径 segm_path="/home/user/segmentator" export segm_path evalseg_path="/home/usr/EvaluateSegmentation/EvaluateSegmentation" export evalseg_path 为 MATLAB 创建临时别名 alias MATLAB="/usr/local/MATLAB/R
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segmentator_processing_scripts-master.zip (88个子文件)
segmentator_processing_scripts-master
.gitignore 1KB
rgb_to_v1v2_cmdlne.py 4KB
meta_mp2rage_script.sh 1KB
MPRAGE
b_00b_map_BIDS_to_analysis.sh 2KB
b_03a_find_gm_borders_segm.py 1KB
b_04_all_mask_for_artifacts.sh 3KB
b_02_composition
b_02_fast.sh 1KB
b_03_spm_rgb_to_v1v2.sh 1KB
b_04_fast_ncut_prepare.sh 2KB
b_02b_spm_equalise_hdr.py 1KB
b_02f_spm_gzip_bias.sh 1KB
b_05_spm_ncut_GUI.sh 1KB
b_01_submask.sh 2KB
b_05_fast_ncut_GUI.sh 1KB
b_03_fast_rgb_to_v1v2.sh 1KB
b_02e_spm_make_hard_labels.py 2KB
b_06_fast_apply_simplex_mask.sh 1KB
b_02d_spm_run_batch_files.sh 842B
b_02a_spm_gunzip.sh 1KB
b_04_spm_ncut_prepare.sh 2KB
b_02c_spm_create_batch_files.sh 4KB
b_06_spm_apply_simplex_mask.sh 1KB
b_03b_find_gm_borders_gt.py 1KB
b_05a_all_evalseg_ovl.sh 2KB
b_06a_all_evalseg_ovl_artifact.sh 2KB
b_05b_all_evalseg_dst.sh 2KB
b_01_division
b_04e_spm_gzip_bias.sh 801B
b_04c_spm_run_batch_files.sh 823B
b_06a_spm_ncut_prepare.sh 2KB
b_05d_spm_copyGM_maskGM.sh 1KB
b_05a_spm_create_brainMask.sh 1KB
b_06b_spm_ncut_GUI.sh 1KB
b_05b_spm_open_brainMask.py 1KB
b_04b_spm_create_batch_files.sh 3KB
b_04a_spm_gunzip.sh 1021B
b_03_fast_submask.sh 1KB
b_01_division.sh 1KB
b_05_fast_copyGM.sh 1KB
b_05c_spm_subtract_nosub_apply_brainMask.sh 2KB
b_04d_spm_make_hard_labels.py 2KB
b_04_fast.sh 899B
b_06b_fast_ncut_GUI.sh 1KB
b_07_spm_apply_gramag_mask.sh 1KB
b_02_fast_brainmask.sh 1KB
b_07_fast_apply_gramag_mask.sh 1KB
b_06a_fast_ncut_prepare.sh 2KB
b_00a_create_directory_tree.sh 2KB
b_07_all_evalute_segmentation_sep.py 6KB
b_06b_all_evalseg_dst_artifact.sh 2KB
README.md 6KB
meta_mprage_script.sh 2KB
MP2RAGE
b_00b_map_BIDS_to_analysis.sh 3KB
b_03a_find_gm_borders_segm.py 1KB
b_04_all_mask_for_artifacts.sh 3KB
b_02_composition
b_03_submask.sh 2KB
b_01_copy_uni_inv2.sh 2KB
b_05_fast_rgb_to_v1v2.sh 1KB
b_02a_correct_hdrs_uni.sh 1KB
b_06_fast_ncut_prepare.sh 2KB
b_08_fast_apply_simplex_mask.sh 1KB
b_08_cbs_apply_simplex_mask.sh 1KB
b_04_fast.sh 1KB
b_02b_reorient_T2s.sh 1KB
b_07_fast_ncut_GUI.sh 1KB
b_03b_find_gm_borders_gt.py 1KB
b_05a_all_evalseg_ovl.sh 2KB
b_06a_all_evalseg_ovl_artifact.sh 2KB
b_05b_all_evalseg_dst.sh 2KB
b_01_division
b_01b_copy_cbs_segm.sh 1KB
b_01a_copy_uni.sh 1KB
b_05_cbs_copyGM.sh 935B
b_02_brain_sub_mask.sh 1KB
b_05_fast_copyGM.sh 1KB
b_07_cbs_apply_gramag_mask.sh 1KB
b_03_correct_hdrs.sh 1KB
b_04_fast.sh 876B
b_06b_fast_ncut_GUI.sh 1KB
b_04a_cbs_extractGM_maskGM.sh 2KB
b_00_run_CBS_seg
CBS_segmentation_sub-013.LayoutXML 326KB
CBS_segmentation_sub-014.LayoutXML 326KB
CBS_segmentation_sub-019.LayoutXML 326KB
CBS_segmentation_sub-001.LayoutXML 326KB
b_07_fast_apply_gramag_mask.sh 1KB
b_06a_fast_ncut_prepare.sh 2KB
b_00a_create_directory_tree.sh 2KB
b_07_all_evalute_segmentation_sep.py 6KB
b_06b_all_evalseg_dst_artifact.sh 2KB
Supplementary
boost_estimation.py 2KB
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