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ctmatlab代码-3D-2D-FCN:用于医学器官(例如肝脏)分割的3D-2D全卷积网络
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prototxt:3个
py:3个
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2021-05-27
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ct Matlab代码用于医学器官(例如肝脏)分割的3D到2D完全卷积网络。 此处提供了与腹部CT扫描中的肝分割相关的代码。 3D-2D-FCN [1]是在“ caffe”框架上实现的; 因此,您的系统需要“ caffe”框架作为运行此项目的先决条件。 您可以按照以下步骤操作: 首先,从(仅30张火车图像及其标签)下载腹部CT扫描。 这些文件具有.nii扩展名,如果已压缩,则将其解压缩。 将其命名为压缩名称以保留其顺序(img0001.nii.gz-> img0001.nii)。 您最好将所有.nii扫描都更改为.mat以使其轻松使用,只需在每次要调查扫描时将其加载到matlab中即可(例如,使用imshow3D.m显示它们,再次进行增强和保存等),为此,我提供了一个代码,用于将.nii转换为.mat并显示imshow3D.m的扫描。 其次,在matlab中运行“ CreateDataBaseFCN3D2.m”以加载数据集并以hd5格式创建数据集,以准备进行网络培训。 如果要根据代码样式从文件夹加载扫描,请更改代码的第一部分。 第三,运行“ TrainModel.py”以在python
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3D-2D-FCN-master.zip (26个子文件)
3D-2D-FCN-master
dice_score.m 760B
GenerateMask.m 562B
GenerateMask3D.m 1KB
BalancingWeightMat3D.m 197B
CreateDataBaseFCN3D2.m 4KB
Model
TrainDatasetAddress.txt 880B
solver_PFCN.prototxt 612B
TestDatasetAddress.txt 223B
deploy_BN.prototxt 14KB
train_FCN.prototxt 15KB
ReshapeLayers.py 6KB
ReshapeLayers.pyc 7KB
TrainModel.py 1KB
LICENSE 34KB
CRF_2d.m 3KB
GenerateUselessMask.m 242B
TestModelICIP.py 2KB
.gitignore 1KB
ComputeDistancFromBordereWeight3D.m 548B
giveFitedBox.m 840B
ConvertNiiToMatFile.m 1KB
nii_read_header.m 5KB
nii_read_volume.m 2KB
README.md 2KB
Bilaterl_Energy2d.m 2KB
Dataset 1B
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