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31功能预测2-元素循环FAPROTAX1
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进行简介、实例说明和点评,必读;1KO通路PICRUSt :本地和在线分析,及统计分析可视化指导;2元素循环FAPROTAX :元素循环相关菌代谢预测,只有本地
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31元素循环FAPROTAX
易生信,毕生缘;培训版权所有。
易生信
2022年1月9日
2022微生物组—扩增子16S分析研讨会第14期
易
生
信
原核物种功能注释 Functional Annotation of
Prokaryotic Taxa (FAPROTAX)
FAPROTAX是根据文献手动构建了物种分类与功能注释的数据库;编
写了联系OTU分类表与数据库的python脚本;我们只要将基于16S的
OTU分类表,使用python脚本,就可以获得微生物群落的功能注释预
测结果。
2
Louca, S., Parfrey, L.W., Doebeli, M. (2016) - Decoupling function and taxonomy in the global ocean microbiome. Science 353:1272-1277
如何用FAPROTAX预测微生物群落功能 http://www.zoology.ubc.ca/louca/FAPROTAX
FAPROTAX较适用于对环境样本(如
海洋、湖泊等)的生物地球化学循环
过程(特别是碳、氢、氮、磷、硫等
元素循环)进行功能注释预测。因其
基于已发表验证的可培养菌文献,其
预测准确度较好,但覆盖度较低。
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