PDB数据格式详解-201810161

PDB（Protein Data Bank）数据格式是一种标准的文件格式，用于存储蛋白质、核酸以及其他生物大分子的三维结构信息。这种格式由RCSB（Research Collaboratory for Structural Bioinformatics）维护，是科研人员进行结构生物学研究的重要工具。下面将详细解释PDB文件中的主要记录类型及其内容。 1. **标题部分**： - **HEADER**：记录分子的类别、发布日期和ID号，用于标识结构的基本信息。 - **OBSLTE**：当旧的ID号被新的ID号取代时，此记录会注明旧ID已被废弃。 - **TITLE**：提供实验方法的简要说明，帮助理解数据是如何获取的。 - **CAVEAT**：可能会包含对数据错误或不足的警告。 - **COMPND**：描述化合物的分子组成，包括其成分和修饰。 - **SOURCE**：说明化合物的来源，如生物体或人工合成。 - **KEYWDS**：关键词用于搜索和分类结构。 - **EXPDTA**：记录实验技术，如X射线晶体学或核磁共振。 - **AUTHOR**：列出结构的测定者。 - **REVDAT**：修订日期及相关细节，记录结构数据的更新。 - **SPRSDE**：关于已撤销或更改记录的信息。 - **JRNL**：记录结构发表的期刊详情。 - **REMARK**：提供额外的注释和信息，如文献引用、结构参数等。 2. **一级结构**： - **DBREF**：链接到其他序列数据库的记录。 - **SEQADV**：PDB与其他记录的比较。 - **SEQRES**：列出分子的氨基酸或核苷酸序列。 - **MODRES**：描述对标准残基的修改或替代。 3. **杂因子**： - **HET**：非标准残基的标识。 - **HETATM**：非标准残基的原子信息。 - **HETSYN**：非标准残基的别名。 - **FORMUL**：非标准残基的化学式。 4. **二级结构**： - **HELIX**：定义螺旋的位置、类型和长度。 - **SHEET**：描述片层结构，包括片层的方向和连接。 - **TURN**：记录转角结构。 5. **连接注释**： - **SSBOND**：记录二硫键的连接。 - **LINK**：表示残基间的化学键。 - **HYDBND**：氢键信息。 - **SLTBRG**：盐桥。 - **CISPEP**：顺式连接的氨基酸。 6. **晶胞特征及坐标变换**： - **CRYST1**：提供晶体结构参数，如晶胞尺寸和空间群。 - **ORIGXn**：直角PDB坐标系统的原点。 - **SCALEn**：描述如何将直角坐标转换为晶体分数坐标。 - **MTRIXn**：非晶体对称操作矩阵。 - **TVECT**：平移向量。 7. **坐标部分**： - **MODEL**：在多模型文件中标识不同的结构模型。 - **ATOM**：描述标准残基的原子坐标、占有率和温度因子。 - **SIGATM**：原子坐标的标准偏差。 - **ANISOU**：各向异性热运动信息。 - **SIGUIJ**：由各种温度因素导致的坐标标准差。 - **TER**：标记残基链的结束。 PDB文件格式的详细信息有助于研究人员理解和处理结构数据，它不仅包含了分子的几何信息，还包括了实验方法、作者信息和潜在的结构问题。对于分析和模拟生物大分子结构的研究工作，掌握PDB文件格式至关重要。