# V-GAN #
### Retinal Vessel Segmentation in Fundoscopic Images with Generative Adversarial Networks [[original paper](https://arxiv.org/pdf/1706.09318.pdf)] [[cite](https://scholar.google.co.kr/scholar?hl=ko&as_sdt=0%2C5&q=retinal+vessel+segmentation+adversarial&btnG=#d=gs_cit&p=&u=%2Fscholar%3Fq%3Dinfo%3Ao5KHdMCl4fUJ%3Ascholar.google.com%2F%26output%3Dcite%26scirp%3D3%26hl%3Dko)]###
![bitbucket_header.jpg](https://bitbucket.org/repo/ekyjKAX/images/3167681377-bitbucket_header.jpg)
## Package Dependency ##
scikit_image==0.12.3
numpy==1.12.0
matplotlib==2.0.0
scipy==0.18.1
Keras==2.0.4
Pillow==4.1.1
skimage==0.0
scikit_learn==0.18.1
## Directory Hierarchy ##
```
.
├── codes
│ ├── evaluation.py
│ ├── inference.py
│ ├── model.py
│ ├── train.py
│ ├── utils.py
├── data
│ ├── DRIVE
│ └── STARE
├── evaluation
│ ├── DRIVE
│ └── STARE
├── inference_outputs
│ ├── DRIVE
│ └── STARE
├── pretrained
│ ├── DRIVE_best.h5
│ ├── DRIVE_best.json
│ ├── STARE_best.h5
│ ├── STARE_best.json
│ ├── auc_pr_STARE.npy
│ ├── auc_roc_DRIVE.npy
│ ├── auc_roc_STARE.npy
│ └── auc_roc_pr_DRIVE.npy
└── results
├── DRIVE
└── STARE
```
**codes** : source codes
**data** : original data. File hierarchy is modified for convenience.
**evaluation** : quantitative and qualitative evaluation.
**inferenced_outputs** : outputs of inference with our model
**pretrained** : pretrained model and weights
**results** : results of other methods. These image files are retrieved from [here](http://www.vision.ee.ethz.ch/~cvlsegmentation/driu/downloads.html)
## Training ##
Move to **codes** folder and run train.py
``` python train.py --ratio_gan2seg=<int> --gpu_index=<int> --batch_size=<int> --dataset=[DRIVE|STARE] --discriminator=[pixel|patch1|patch2|image]```
### arguments ###
ratio_gan2seg : trade-coefficient between GAN loss and segmentation loss
gpu_index : starting index for gpus to be used
batch_size : number of images per a batch
dataset : type of a dataset (DRIVE or STARE)
discriminator : type of a discriminator (pixel or patch1 or patch2 or image)
**CAVEAT**
Training with the current codes requires main memory more than 50 GB and GPUs dedicated to Deep Learning. If no such system is available, it is recommended to use pre-trained model only for inference.
## Inference ##
Move to **codes** folder and run inferency.py
``` python inference.py```
Outputs of inference are generated in **inference_outputs** folder.
## Evaluation ##
Move to **codes** folder and run evaluation.py
``` python evaluation.py```
Results are generated in **evaluation** folder. Hierarchy of the folder is
```
.
├── DRIVE
│ ├── comparison
│ ├── measures
│ └── vessels
└── STARE
├── comparison
├── measures
└── vessels
```
**comparison** : difference maps of our method
**measures** : ROC and PR curves
**vessels** : vessels superimposed on segmented masks
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温馨提示
本项目旨在利用生成对抗网络(GAN)进行眼睛视网膜血管的识别和切分。眼睛视网膜血管识别对于眼科疾病的诊断具有重要意义。 我们采用GAN算法,通过分析视网膜眼底图像,实现对血管的自动识别和切分。项目使用的数据集包括公开的视网膜眼底图像数据集,如DIARETDB1、DRIVE等,并进行了预处理,包括图像增强、分割和特征提取等。 在运行环境方面,我们使用Python编程语言,基于TensorFlow和PyTorch深度学习框架进行开发。为了提高计算效率,我们还使用了GPU加速计算。此外,我们还采用了Docker容器技术,确保实验结果的可重复性。 项目完成后,将实现对眼睛视网膜血管的快速、准确识别和切分,为眼科疾病的诊断和治疗提供有力支持。同时,项目成果也可应用于其他医学图像分析领域。
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基于gan的眼睛视网膜血管识别切分内含数据集.zip (577个子文件)
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小码蚁.
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