lammps输入文件详细解释

Lammps 输入文件详细解释 Lammps 是一种广泛应用于分子 dynamics simulation 的软件，它可以模拟多种类型的材料和系统。为了使用 Lammps，用户需要编写输入文件，以指导软件如何进行模拟。在本文中，我们将详细解释 Lammps 输入文件的格式和内容。 units lj 命令 在 Lammps 输入文件中，`units` 命令用于设定模拟的单位格式。该命令决定了输入脚本文件和数据文件中的所有数量的单位格式，以及屏幕上显示的输出、日志文件和 dump 文件中的数量单位。通常，该命令位于输入脚本的开头。 在 `units lj` 格式中，所有数量都是无量纲的。Lammps 将基本量 mass、sigma、epsilon 和波尔兹曼常数设定为 1。在这种情况下，用户定义的质量、距离、能量都是这些基本值的倍数。用户可以使用 mass、sigma、epsilon 值来表示一个具体材料，并将无量纲的 LJ 模拟结果转换为物理量。 lj 单位系统 在 `units lj` 格式中， Lammps 使用以下单位系统： * 质量（mass）：以 sigma 为单位 * 距离（distance）：以 sigma 为单位 * 能量（energy）：以 epsilon 为单位 * 时间（time）：以 tau 为单位，tau = (epsilon / m / sigma^2)^1/2 * 速度（velocity）：以 sigma/tau 为单位 * 力（force）：以 epsilon/sigma 为单位 * 扭矩（torque）：以 epsilon 为单位 * 温度（temperature）：以减少的 LJ 温度为单位，T* = T Kb / epsilon * 压力（pressure）：以减少的 LJ 压力为单位，P* = P sigma^3 / epsilon * 动态粘度（dynamic viscosity）：以减少的 LJ 粘度为单位，eta* = eta sigma^3 / epsilon / tau * 电荷（charge）：以减少的 LJ 电荷为单位，q* = q / (4 pi perm0 sigma epsilon)^1/2 *偶极矩（dipole）：以减少的 LJ偶极矩为单位，*mu = mu / (4 pi perm0 sigma^3 epsilon)^1/2 * 电场（electric field）：以力/电荷为单位，E* = E (4 pi perm0 sigma epsilon)^1/2 sigma / epsilon * 密度（density）：以质量/体积为单位，rho* = rho sigma^dim atom_style 命令 在 Lammps 输入文件中，`atom_style` 命令用于定义原子的类型。该命令可以指定原子的类型，例如 atomic、molecular 等。用户可以根据需要选择合适的原子类型，并在输入文件中指定相应的参数。 Lammps 输入文件是 Lammps 软件的核心组件，它指导软件如何进行模拟。用户需要了解 Lammps 输入文件的格式和内容，以便编写正确的输入文件并获得正确的模拟结果。