# bio
用于核酸和蛋白质序列处理的一些工具
sequence:包含fas、aln、phy三种格式的序列文件的读写,DNA、RNA和多肽序列的简单处理、转录翻译等
alignment:实现了全局和局部序列比对的动态规划算法,用回调实现泛用性,用于一些小序列的比对、对齐等
restriction:包含200多个限制性内切酶的匹配和切割信息,用于搜索序列的酶切位点
cladogram:实现了tre进化树文件的读写,以及以文本格式显示进化树,并可以根据进化树和序列统计进化中的突变次数(不考虑回复突变)
crisper:实现了pCAMBIA1300-pYAO-cas9质粒体系下的探针/引物搜索,搜索结果仍需要人工复核。
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用于核酸和蛋白质序列处理的一些工具.zip
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2024-05-20
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蛋白质是生物体中普遍存在的一类重要生物大分子,由天然氨基酸通过肽键连接而成。它具有复杂的分子结构和特定的生物功能,是表达生物遗传性状的一类主要物质。 蛋白质的结构可分为四级:一级结构是组成蛋白质多肽链的线性氨基酸序列;二级结构是依靠不同氨基酸之间的C=O和N-H基团间的氢键形成的稳定结构,主要为α螺旋和β折叠;三级结构是通过多个二级结构元素在三维空间的排列所形成的一个蛋白质分子的三维结构;四级结构用于描述由不同多肽链(亚基)间相互作用形成具有功能的蛋白质复合物分子。 蛋白质在生物体内具有多种功能,包括提供能量、维持电解质平衡、信息交流、构成人的身体以及免疫等。例如,蛋白质分解可以为人体提供能量,每克蛋白质能产生4千卡的热能;血液里的蛋白质能帮助维持体内的酸碱平衡和血液的渗透压;蛋白质是组成人体器官组织的重要物质,可以修复受损的器官功能,以及维持细胞的生长和更新;蛋白质也是构成多种生理活性的物质,如免疫球蛋白,具有维持机体正常免疫功能的作用。 蛋白质的合成是指生物按照从脱氧核糖核酸(DNA)转录得到的信使核糖核酸(mRNA)上的遗传信息合成蛋白质的过程。这个过程包括氨基酸的活化、多肽链合成的起始、肽链的延长、肽链的终止和释放以及蛋白质合成后的加工修饰等步骤。 蛋白质降解是指食物中的蛋白质经过蛋白质降解酶的作用降解为多肽和氨基酸然后被人体吸收的过程。这个过程在细胞的生理活动中发挥着极其重要的作用,例如将蛋白质降解后成为小分子的氨基酸,并被循环利用;处理错误折叠的蛋白质以及多余组分,使之降解,以防机体产生错误应答。 总的来说,蛋白质是生物体内不可或缺的一类重要物质,对于维持生物体的正常生理功能具有至关重要的作用。
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crisper
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alignment
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sequence
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codon.go 5KB
fas
fas.go 1KB
phy
phy.go 2KB
aln
aln.go 2KB
restriction
cutterTree.go 160KB
find.go 2KB
record.go 15KB
tree.go 3KB
cladogram
mutate.go 1KB
tre
tre.go 4KB
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