import cv2
import numpy as np
import os
import random
from PIL import Image
import matplotlib.pyplot as plt
# 将mask绘制在原图
def draw_image(im, ms, brg, opacity):
image_mask = im.copy()
contours, _ = cv2.findContours(ms, cv2.RETR_TREE, cv2.CHAIN_APPROX_NONE) # 查找轮廓
image_mask = cv2.drawContours(image_mask, contours, -1, (0, 255, 0), 2) # 绘制边界
image_mask = cv2.fillPoly(image_mask, contours, color=brg) # 填充
img_bgr = cv2.addWeighted(im, opacity, image_mask, 1 - opacity, 0)
return im, ms, img_bgr
def main(imagePath, labelPath, bgr, opacity):
image = np.array(Image.open(imagePath).convert('RGB'))
label = np.array(Image.open(labelPath).convert('L'))
a, b, c = draw_image(image, label, bgr, opacity)
plt.figure(figsize=(12, 8))
for index, i in enumerate((a, b, c)):
plt.subplot(1, 3, index + 1)
plt.imshow(i)
plt.savefig('./result.png')
# plt.show()
if __name__ == '__main__':
root = './data/z/images'
images_path = [os.path.join(root, i) for i in os.listdir(root)]
r = random.randint(0, len(images_path) - 1)
img_path = images_path[r] # 随机取出一张图片
mask_path = img_path.replace('images', 'labels')
# opacity 越小,掩膜效果越深
main(imagePath=img_path, labelPath=mask_path, bgr=(0, 0, 255), opacity=0.5)
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项目包含:肝血管和肿瘤(HepaticVessel)切片分割【包含3个切面划分的数据集(3类别)、标签文件、可视化代码】 【其中mask中1为肝血管、2为肿瘤 、0为背景】 数据集为生物医学影像肝血管和肿瘤3D数据(nii.gz)的切片数据,分别从轴位面(横端面)、冠状面、矢状面切分出2D图像。为了方便分割,这里切片的时候去除了ROI区域不足1%的数据,图像和标签均为png格式。为了方便观察mask,提供了可视化代码(show.py) 数据集介绍:分为x、y、z轴的切面图像 x轴:512*512分辨率,images图片目录+masks模板目录,2104张图片和2104个对应的mask图片 y轴:512*66分辨率,images图片目录+masks模板目录,15537张图片和15537个对应的mask图片 z轴:512*66分辨率,images图片目录+masks模板目录,14296张图片和14296个对应的mask图片 除此之外,包含一个图像分割的可视化脚本,随机提取一张图片,将其原始图片、GT图像、GT在原图蒙板的图像展示,并保存在当前目录下。可以直接运行即
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医学图像分割数据:肝血管和肿瘤(HepaticVessel)切片分割【包含3个切面划分的数据集(3类别)、标签文件、可视化代码】 (2000个子文件)
dataset.json 67B
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