Lammmps手册2015版

LAMMPS（大型分子多粒子模拟）是一种广泛使用的分子动力学模拟软件，适用于研究各种物质系统的结构和动力学性质，包括固体、液体、软物质、生物分子等。该软件由美国桑迪亚国家实验室开发，并遵循GNU General Public License进行开源分发。 LAMMPS用户手册是该软件的核心文档，提供了详细的使用指南和功能介绍。2015年8月发布的版本是当时最新的官方手册，包含了自软件发布以来的最新更新和改进。手册通常会包含版本信息，以便用户了解其正在使用的软件的精确状态和功能。 在“1. Introduction”部分，手册首先解释了LAMMPS是什么。LAMMPS代表大型分子多粒子模拟器，它是一个设计用于模拟大系统（数千到数百万粒子）的高性能计算程序，支持多种计算模型，如经典分子动力学、蒙特卡洛、粗粒化模拟等。这一部分还概述了LAMMPS的主要特点，如灵活的输入脚本语言、多种相互作用势、支持并行计算以及与外部分析工具的接口。 接着，“1.2 LAMMPS features”详细列出了LAMMPS的特性，包括支持多种力场（如EAM、REAXFF、CHARMM等），粒子间作用力的广泛选择，如Lennard-Jones、Coulomb、 Buckingham势等。此外，LAMMPS还具有强大的时间步进控制，可以进行温度、压力控制的NVT、NPT模拟，以及复杂的边界条件处理能力。 “1.3 LAMMPS non-features”则指出LAMMPS不包括的功能，例如量子力学模拟、有限元分析或连续介质模拟。这帮助用户明确LAMMPS的适用范围。 “1.4 Open source distribution”强调了LAMMPS的开源性质，用户可以自由下载、修改和分发代码，促进社区协作和软件的持续发展。 在“1.5 Acknowledgments and citations”中，手册通常会感谢贡献者和资助机构，并提供了适当的引用指南，以便用户在发表研究成果时正确地引用LAMMPS。 “2. Getting Started”部分为新用户提供入门指导，包括了如何获取LAMMPS源代码、如何编译和构建LAMMPS，以及如何安装可选的附加包，这些包扩展了LAMMPS的基本功能，比如增强的分子动力学算法、新的力场或特定领域的应用。 手册的其余部分深入探讨了LAMMPS的使用，包括输入文件结构、设置参数、运行模拟、输出数据解析以及各种模拟技术的详细说明。对于每个功能，都有清晰的示例和解释，使得用户能够快速理解和应用LAMMPS进行科学研究。 LAMMPS手册是学习和使用LAMMPS进行分子模拟的宝贵资源，无论你是新手还是经验丰富的用户，都能从中找到所需的信息和支持。