## MPRAnalyze ##
MPRAnalyze is an analysis framework designed for data generated by Massively Parallel Reporter Assays (MPRAs). MPRAnlayze can be used for quantification of enhancer-induced transcription rates, calssification of active\inactive enhancers, and comparative analyses of enhancer activity between conditions.
### INSTALLATION
MPRAnalyze is released via bioconductor, and could be installed using the BiocManager package:
```r
BiocManager::install("MPRAnalyze")
```
The newest version of MPRAnalyze can be installed directly from github:
```r
library(devtools)
install_github("YosefLab/MPRAnalyze")
```
没有合适的资源?快使用搜索试试~ 我知道了~
基于MPRA实验分析增强子强度。_R_下载.zip
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基于MPRA实验分析增强子强度。_R_下载.zip (36个子文件)
MPRAnalyze-master
man
estimateDepthFactors.Rd 2KB
ChrEpi.Rd 1KB
getAlpha.Rd 2KB
extractModelParameters.Rd 2KB
testEmpirical.Rd 3KB
getFits_DNA.Rd 2KB
setDepthFactors.Rd 1KB
getFits_RNA.Rd 2KB
setModel.Rd 2KB
analyzeQuantification.Rd 2KB
simulateMPRA.Rd 2KB
testLrt.Rd 955B
MpraObject.Rd 5KB
getDistrParam.Rd 1KB
testCoefficient.Rd 1KB
analyzeComparative.Rd 2KB
NEWS 66B
data
ChrEpi.rda 13KB
R
data.R 1KB
objectiveFunctions.R 6KB
optimizers.R 16KB
accessFunctions.R 14KB
analysisFunctions.R 15KB
utilFunctions.R 7KB
libraryDepth.R 7KB
MpraObject.R 12KB
modelSelection.R 2KB
hypothesisTesting.R 11KB
simulateMPRA.R 5KB
likelihoodFunctions.R 5KB
NAMESPACE 930B
.gitignore 71B
DESCRIPTION 2KB
vignettes
vignette.Rmd 15KB
README.md 619B
inst
CITATION 899B
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