TADtool 是一个交互式工具，用于识别用于 Hi-C 数据的 TAD 调用算法中有意义的参数_python代码_下载

TADtool 是一种交互式工具，用于识别 Hi-C 数据的拓扑关联域 (TAD) 算法中有意义的参数 plot接受三个强制性（位置）参数： 一个 Hi-C 矩阵文件，可以是 方阵格式：以制表符分隔的文本文件，其列数与行数相同。将被内部读取numpy.loadtxt 稀疏矩阵格式：制表符分隔文件，其中每行包含三列：<行索引> <列索引> <值> 一个 numpy.npy文件：使用numpy.save方法从 Python 中的 numpy 矩阵创建 注意：可以以高分辨率加载大型矩阵，但请记住，大型矩阵会消耗更多内存并可能减慢 TAD 计算速度。我们建议使用单个染色体的染色体内基质以获得最佳体验。或者，可以使用几个较小的子矩阵在交互式工具中识别合适的 TAD 调用参数，并使用非交互式tads命令（见下文）在整个矩阵（或单个染色体矩阵）上调用 TAD。