Contents:
1. License - Read first!(许可证-先读)
2. Overview - Quick start(综述-快速开始)
3. HOW to use Atomsk
4. Examples(实例)
5. Compilation and installation(编译和安装)
6. Supported file formats(支持的文件格式)
o cfg (AtomEye)
o dd(ddplot)
o vesta(VESTA)
o xsf(XCrySDen)
o COORAT(MBPP)
o POSCAR(VASP format)
o pw(Quantum Espresso input file)
o out(Quantum Espresso output file)
o xv(SIESTA)
o bop(BOP)
o CONFIG(DL_POLY)
o gin(GULP)
o imd(IMD)
o lmc(LAMMPS custom dump file)
o lmp(LAMMPS data file)
o mol(MOLDY)
o xmd(XMD)
o cel(Dr Probe)
o cfg(QSTEM)
o jems (JEMS)
o atsk (Atomsk binary format)
o cif (Crystallographic Information File)
o str (PDFFIT structure file)
o pdb (Protein Data Bank)
o xyz/exyz/sxyz (general purpose format)
7. Options (选项)
o add-atom – 插入一个或多个新原子
o add-shells – 为一些或所有原子创建 shells
o alignx - 将第一个晶胞格向量与 X 轴对齐
o bind-shells - 将 shell 与它们的核重新关联
o center - 把系统移到盒子的中央
o crack - 在系统中插入一条裂缝
o cut - 清除系统的一部分
o deform - 向系统施加单向应力或应变
o dislocation - 在系统中插入位错