初识rosetta-workshop课件1-introduction(英文版)

初识 Rosetta Workshop 课件 1 - Introduction (英文版) 在这篇课件中，我们将介绍 Rosetta 的基本概念和使用方法，包括如何运行基本的 Rosetta 应用程序、输入/输出文件类型、选项等，以及如何导航 Rosetta。 Rosetta 基础知识 Rosetta 是一个基于计算生物学的软件套件，用于蛋白质结构预测、蛋白质-蛋白质相互作用预测和蛋白质设计。Rosetta 的主要组件包括 protein-ligand docking、protein-protein docking、protein design 和 protein structure prediction 等。 输入/输出文件类型 在 Rosetta 中，输入文件通常是以 pdb、pdb.gz 或 fasta 格式的文件，而输出文件可以是 score、pdb、pdb.gz 或其他格式的文件。用户可以根据需要选择不同的输出文件类型。 导航 Rosetta 在 Rosetta 中，用户可以通过命令行或图形用户界面来运行应用程序。用户需要了解 Rosetta 的目录结构，包括主目录、应用程序目录和数据目录。用户需要将工作目录与 Rosetta 目录区别开，以避免数据混淆。 Rosetta 应用程序 Rosetta 提供了多种应用程序，包括 protein-ligand docking、protein-protein docking、protein design 和 protein structure prediction 等。每个应用程序都有其特定的输入文件类型和输出文件类型。 命令行参数 在 Rosetta 中，每个命令都有其特定的参数格式，包括输入文件、输出文件和其他参数。用户需要了解这些参数，以便正确地运行应用程序。 Rosetta 版本 Rosetta 有多种版本，包括周版本和编号版本。周版本是指 Rosetta 的最新版本，每周发布一次。编号版本是指 Rosetta 的稳定版本，每六个月发布一次。所有的教程都使用 3.12 版本。 Rosetta 资源 Rosetta 官方网站提供了详细的文档、讨论区和示例教程，供用户学习和参考。 常见问题 Q: 如何运行基本的 Rosetta 应用程序？ A: 通过命令行或图形用户界面来运行应用程序，并指定输入文件和输出文件。 Q: 如何导航 Rosetta？ A: 用户需要了解 Rosetta 的目录结构和工作目录，以避免数据混淆。 Q: 什么是 Rosetta 的应用程序？ A: Rosetta 提供了多种应用程序，包括 protein-ligand docking、protein-protein docking、protein design 和 protein structure prediction 等。