CADD 教程全集
珍藏版
作者：Alan
Ligandscout 快速建立基于受体-配体的药效团模型并在 MOE 里进行筛库
1.打开 liganscout 软件
2.file→open→导入 PDB 晶体结构
3.点击黄色盒子
第 1 页，共 203 页
4.点击 pharmacophore，create pharmacophore
分别还可以建立三种常用格式的药效团模型，供给 catalyst，MOE，Schrodinger 进行药效
团筛库。
5.我这里用生成 MOE 格式的药效团，快捷键为 Ctrl+Shift+F9。
6.先选中不想要的药效特征，点击 可以删除不想要的药效特征，包括白色的排阻药效
团也可以删除，最终保存药效团模型。file→Save as file（保存在为.ph4 格式的模型文
件(5kkn_pharmacophore.ph4)供给 MOE 直接筛库）
7.打开 MOE 软件，file→open→5kkn_pharmcophore.ph4
第 2 页，共 203 页
8.点击 MOE 主窗口右边的 center,可以看到药效团模型（我这里没有删除白色排阻药效团）。
9.在 pharmacophore editor 界面点击 searach 选择分子库进行药效团筛选。
（注:这里分子库提前将 sdf 格式的文件导入 MOE 存为 mdb 格式的文件）
第 3 页，共 203 页
